1987年12月01日，公交总公司新辟379路（中关村农展馆）。
1988年12月01日，公交总公司367路（三义庙左家庄）缩短为三义庙展览中心，379路（中关村农展馆）调整为中关村左家庄。
1997年11月08日，公交总公司302路（中关村六里屯）延长为巴沟村六里屯，379路（中关村左家庄）延长为巴沟村左家庄。
1998年01月20日，公交总公司379路（巴沟村左家庄）调整为左家庄育新小区。
2004年04月15日，为缓解北京市区交通拥堵，合理配置线路资源，方便市民乘车，减少因配置不合理造成的拥堵和秩序混乱，在市交通委的领导下，市运管局、市交管局、公交总公司认真分析各方意见，反复勘察线路，在充分论证的基础上，对一批线路进行整合。第一客运分公司3路（北京游乐园北京游乐园）与第二客运分公司12路（五间楼广渠门）合并，改为12路（五间楼五间楼）；第三客运分公司5路（前门德胜门）与53路（前门菜户营）合并，改为5路（菜户营德胜门）；第三客运分公司6路（六里桥北京游乐园）与50路（丽泽桥永安路）合并，改为6路（丽泽桥北京游乐园）；第四客运分公司26路（西钓鱼台官园）与392路（西直门西二旗北站）合并，改为392路（西二旗北站西钓鱼台）；第二客运分公司54路（北京站海户屯）与59路（前门大观园）合并，改为59路（大观园北京站）；第二客运分公司63路（北京站方庄南口）与366路支线（左安门福苑小区）合并，改为366路支线（北京站福苑小区）；第四客运分公司301路（北宫门小牛坊）与384路（北宫门人民大学）合并，改为384路（永丰站人民大学）；第五客运分公司316路（通州北苑大稿新村）与319路（通州北苑龙旺庄小区）合并，改为316路（龙旺庄小区大稿新村）；第四客运分公司326路（圈门六区地铁站）与370路（公主坟廖公庄）合并，改为370路（圈门公主坟）；第一客运分公司379路（左家庄育新小区）与379路支线（和平街北口洼里乡政府）合并，改为379路（左家庄育新小区）。
2010年01月26日，第一客运分公司24路、201路、379路、614路划转至第七客运分公司；8路、42路、60路划转至电车客运分公司；305路划转至新奥客运分公司。第二客运分公司20路、203路划转至第六客运分公司；300路内环划转至新奥客运分公司。第四客运分公司7路划转至第二客运分公司；10路、204路内环、204路外环、334路划转至第六客运分公司。第五客运分公司352路划转至第二客运分公司；359路划转至第七客运分公司；300路外环、378路、439路划转至新奥客运分公司。第六客运分公司631路、631路快车划转至第二客运分公司；356路、480路划转至第三客运分公司；58路、212路、311路、318路、327路、385路、396路、663路划转至双层客运分公司。第七客运分公司119路、125路、407路、426路划转至第一客运分公司；104路快车、110路、116路、515路、823路划转至电车客运分公司。电车客运分公司653路划转至第一客运分公司；410路、456路划转至第二客运分公司；411路划转至第五客运分公司。新奥客运分公司681路、699路、839路划转至第一客运分公司，477路、658路、694路、697路、717路划转至第三客运分公司；509路、518路划转至第四客运分公司；75路、635路、718路划转至第五客运分公司；64路、611路、612路划转至第六客运分公司；605路、682路、701路划转至第七客运分公司。专线客运分公司482路、498路、562路划转至第四客运分公司；457路、561路划转至第五客运分公司；802路划转至第六客运分公司；467路、660路、677路划转至第七客运分公司。双层客运分公司504路、679路划转至第二客运分公司；678路、692路划转至第三客运分公司；489路、746路划转至第四客运分公司；527路、728路划转至第六客运分公司；707路划转至第七客运分公司。
2010年10月26日，北京公交集团撤销原第三客运分公司、第七客运分公司，两分公司线路划转至其他分公司运营。第一客运分公司接收第三客运分公司658路、694路；第七客运分公司24路、120路、131路、201路、208路、379路、536路、659路。第二客运分公司接收第三客运分公司5路、49路、67路、340路、349路、390路、497路、603路、678路、三环临线。第四客运分公司接收第三客运分公司40路、45路、46路、47路、332路、507路、613路、697路、717路。第五客运分公司接收第七客运分公司122路、126路、211路、412路、419路、420路、421路、494路、503路、605路、628路、639路、640路、682路。第六客运分公司接收第三客运分公司63路、72路、205路、309路、321路、321路区间、323路、323路快车、477路、480路、604路、661路、692路。电车客运分公司接收第三客运分公司6路、22路、38路、82路、394路；第七客运分公司55路、113路、132路、210路、359路、401路、418路。双层客运分公司接收第三客运分公司77路、339路、339路区间、356路、391路、452路、458路、459路、550路、616路、646路、662路，同时更名为第三客运分公司。专线客运分公司接收第七客运分公司402路、403路、405路、413路、424路、431路、445路、446路、467路、516路、538路、595路、629路、656路、660路、677路，同时更名为第七客运分公司。新奥客运分公司接收第三客运分公司44路外环、44路内环；第七客运分公司130路、404路、406路、408路、409路、415路、416路、417路、422路、470路、471路、547路、630路、657路、701路、707路，同时更名为第八客运分公司。
2022年05月23日，按照海淀区、昌平区疫情防控工作要求，途经海淀区、昌平区的第一客运分公司307路、315路、371路、520路、606路、614路、618路、681路、专89路、夜38路；第四客运分公司355路、393路、398路、495路、521路、543路、608路、642路、专29路、专139路采取暂停运营措施；第一客运分公司319路、367路、379路、432路、462路、478路、620路、636路；第八客运分公司932路、963路采取区间运营措施。
2022年06月07日，按照疫情防控工作要求，前期受海淀区、昌平区疫情封控影响的第一客运分公司315路、319路、367路、379路、432路、462路、478路、606路、614路、618路、620路、636路、681路、夜38路；第四客运分公司355路、393路、398路、495路、521路、543路、608路、609路、专29路、专139路；第八客运分公司932路、963路恢复全线运营。