2011年09月01日，浦东南汇新辟1009路，起讫站为宜浩佳园水华路方竹路。

2013年12月29日，浦东南汇1009路（宜浩佳园水华路方竹路）线路延伸，起讫站调整为滴水湖地铁站水华路方竹路。

2014年09月28日，配合滴水湖枢纽站投入使用，浦东南汇1009路、1043路、申港3路、洋山专线终点站滴水湖地铁站调整至枢纽站站内发车。

2015年09月07日，浦东南汇1096路（滴水湖地铁站滴水湖馨苑）线路延伸，起讫站调整为滴水湖地铁站水华路方竹路。1009路（滴水湖地铁站水华路方竹路）同步调整站点并延伸，起讫站调整为滴水湖地铁站水华路橄榄路。

2015年12月28日，市运管处对48路、56路区间、108路区间、930路、1006路、1008路、1009路、1012路、1013路、1023路、1047路、1049路、1201路、1210路、1212路、1217路、1218路、宝山9路、周康10路、曹路3路等20条线路试点时刻表挂牌服务。

2022年01月01日，浦东南汇三分公司所有线路划入临港公交运营管理。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，临港公交所有公交线路暂停运营。

2022年05月27日，临港公交1009路、1077路、1096路、浦东56路、浦东91路、申港1路、临港4路、惠芦专线、南临专线恢复运营。

2023年11月06日，为配合滴水湖公交枢纽站施工，临港公交1043路、浦东33路、洋山专线、自贸试验区洋山1线、环湖一路观光线滴水湖地铁站终点站临时调整为云鹃路临港大道；1009路、1096路、申港1路、上海电机学院接驳线终点站滴水湖地铁站临时调整为山兰路临港大道。

2024年11月23日，配合滴水湖枢纽站竣工投用，临港公交1043路、浦东33路、洋山专线、临港定制11线云鹃路临港大道首末站；1009路、1096路、申港1路山兰路临港大道首末站迁至滴水湖枢纽站。