2017年06月01日，扬子公交新辟Y39路，起讫站为苏宁威尼斯水城总站大新华府总站。

2019年05月06日，扬子公交532路、635路、638路、665路、695路、Y39路起讫站“苏宁威尼斯水城总站”更名为北外滩水城总站。

2019年09月10日，扬子公交Y39路（北外滩水城总站大新华府总站）缩线行驶，起讫站调整为柳洲东路地铁站东大新华府总站。

2022年10月13日，因柳洲东路公交场站地块进行施工，施工期间该场站临时搬迁至“江山路启新路”路口东侧地块，南京公交487路、636路原“柳洲东路总站【上客站】/柳洲东路地铁站西【下客站】”，690路起讫站“柳洲东路地铁站西”，551路、668路、Y39路、Y40路起讫站“柳洲东路地铁站东”，调整至柳洲东路地铁站北。

2024年11月30日，为提升夜间线路运行效率，南京公交Y39路（柳洲东路地铁站北大新华府总站）调整走向，起讫站调整为北外滩水城总站大新华府总站。