1998年07月25日，公交总公司新辟53路，起讫站为南京西站晓庄。

2017年12月23日，因“迈皋桥广场”道路封闭施工，江南公交53路、145路、333路起讫点调整至北苑西路·网板路；66路起讫点调整至迈皋桥东；54路区间（万寿停车场迈皋桥广场）调整走向，起讫站调整为万寿停车场南京站·北广场西。

2019年11月01日，因南京公交集团整体改制，原江南公交第五巴士公司负责运营的6路、10路、12路、18路、22路、24路、30路、31路、34路、53路、54路、78路、95路、117路、118路、134路、162路、302路、307路、337路、Y2路、Y9路、Y10路、Y15路整建制并入改制后的第一客运公司（原第一巴士公司）运营管理，第五巴士公司不再保留。

2021年05月01日，南京公交集团第一客运公司3路、10路、12路、31路、34路、53路、63路、134路、134路高峰区间、302路、318路划归第四客运公司运营管理。

2023年05月13日，随着和燕路快速化改造逐步结束，南京公交53路起讫站“北苑西路·网板路”调整至迈皋桥广场；520路、520路高峰巴士、526路、528路、Y31路起讫站“迈皋桥总站”调整至迈皋桥广场；567路（八卦洲服务区迈皋桥总站）线路延伸，起讫站调整为八卦洲总站迈皋桥广场。