2003年04月01日，由于长期缺乏专业管理，大部分车辆常年不按核定线路运营且无固定的发车时刻表，亚通客运牛堡线、南牛专线交由崇明大众统一承包管理。后两线均归并入复线的常规线路。亚通客运共计八台营运车辆分配至崇明大众其他线路继续运营，由崇明大众统筹调动。

2012年06月20日，配合北沿公路大修工程，崇明巴士堡红线临时缩线行驶，起讫站调整为堡镇汽车站齐南村。（至2012年11月20日恢复）

2015年12月05日，崇明巴士堡红线（堡镇汽车站红卫站）新增堡镇汽车站北港村支线，调整后两线交替发班。

2020年05月22日，受北港村终点站施工影响，崇明巴士堡红线（堡镇汽车站北港村）临时缩线行驶，起讫站调整为堡镇汽车站齐南村。开往红卫站的班次不受影响。（2020年9月27日前恢复，具体日期有待查证）

2022年03月20日，根据疫情防控要求，崇明巴士堡红线、堡七线堡镇汽车站终点站临时调整至向化镇。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，崇明巴士所有公交线路暂停运营。

2022年05月20日，崇明巴士城桥4路、南牛线、南跃线、南海线、南堡支线、南建专线、1712路、1713路、堡红线、堡四线、堡七线、堡陈专线、长兴1路、长兴3路、横沙3路、崇明东滩1路、崇明东滩3路恢复运营。