2024年04月01日，东部公交调整旗下部分车队编制：一分公司（观澜车队）（312路、高峰专线43号、P150路|定制巴士2150号、P312路|定制巴士2312号、P315路|定制巴士2315号、P764路|定制巴士2764号）调整为二分公司（观澜车队）；一分公司（新和车队）（620路、B865路、M566路、M567路、M568路、M572路、高快巴士43号、J4路|定制巴士3613号、P745路|定制巴士2745、3512号）调整为二分公司（新和车队）；二分公司（海吉星车队）（836路、M181路、M271路、M485路、M491路、高峰专线89号、D3路|定制巴士3652号、D29路|定制巴士3678号、D40路|定制巴士3687号）调整为一分公司（海吉星车队）；二分公司（慢城车队）（980路、B741路、B890路、M150路、M281路、M463路、P288路|定制巴士2288号、P320路|定制巴士2320号、P1018路|定制巴士3018号）调整为一分公司（慢城车队）；四分公司（横岗车队）（907路、B989路、M309路、M357路、M394路、高峰专线194号、D7路|定制巴士3656号、P122路|定制巴士2122号、P282路|定制巴士2282号）调整为三分公司（横岗车队）；五分公司（锦龙车队）（M143路、M447路、P21路|定制巴士2021号、P34路|定制巴士2034号、P58路|定制巴士2058号、P95路|定制巴士2095号、P130路|定制巴士2130号、P175路|定制巴士2175号、P175A路|定制巴士3500号、P389路|定制巴士2389号）调整为四分公司（锦龙车队）；B870路由原二分公司（慢城车队）划转至二分公司（华龙车队）；M414路由二分公司（吉华车队）划转至二分公司（华龙车队）；大鹏假日接驳专线13号由原四分公司（横岗车队）划转至四分公司（葵涌车队）；坪梅假日快线由四分公司（同心车队）划转至四分公司（锦龙车队）。

2024年12月01日，配合深圳北站交通枢纽公交场站（一层）被改造为网约车接送通道，该站所有线路搬迁至深圳北站交通枢纽公交场站（二层）运作：东部公交M567路、M572路（新田和记总站深圳北站交通枢纽公交场站（一层））调整走向，起讫站调整为新田和记总站深圳北站交通枢纽公交场站（二层）；西部公汽M130路（中海锦城花园公交首末站深圳北站交通枢纽公交场站（一层））调整走向，起讫站调整为中海锦城花园公交首末站深圳北站交通枢纽公交场站（二层）；M352路（华宁路公交首末站深圳北站交通枢纽公交场站（一层））调整走向，起讫站调整为华宁路公交首末站深圳北站交通枢纽公交场站（二层）；高峰专线137号（深圳北动车运用所员工宿舍深圳北站交通枢纽公交场站（一层））调整走向，起讫站调整为深圳北动车运用所员工宿舍深圳北站交通枢纽公交场站（二层）。配合以上调整及同步实施的深圳北站交通枢纽减量工作，巴士集团75路（鹿丹村公交总站深圳北站交通枢纽公交场站（二层））缩线行驶，起讫站调整为鹿丹村公交总站龙悦居公交首末站；M134路（下沙总站深圳北站交通枢纽公交场站（二层））缩线行驶，起讫站调整为下沙总站丰泽湖山庄总站；M207路（东方尊峪公交总站深圳北站西广场公交场站）调整走向，起讫站调整为东方尊峪公交总站深圳北站交通枢纽公交场站（二层）；高峰专线120号（[正向]南山中心区公交总站深圳北站交通枢纽公交场站（二层）/[反向]深圳北站东广场南山中心区公交总站）调整走向，起讫站调整为深圳北站东广场南山中心区公交总站；东部公交E22路（青松翠景路口深圳北站交通枢纽公交场站（二层））线路延伸，起讫站调整为青松翠景路口中梅路公交首末站；M363路（秀峰公交总站深圳北站交通枢纽公交场站（二层））缩线行驶，起讫站调整为秀峰公交总站万科五园公交总站；西部公汽M341路（会展湾南岸广场公交场站深圳北站交通枢纽公交场站（二层））缩线行驶，起讫站调整为会展湾南岸广场公交场站石龙公交首末站；M597路停止运营，为保障硅谷清湖园至坂田片区出行需求，新辟M288路，起讫站为硅谷清湖园公交首末站坂田旭景佳园总站。配合以上调整，巴士集团7路、34路停止运营。

2025年03月01日，东部公交二分公司（新和车队）拆分：620路（新田和记总站龙泽苑公交首末站）缩线行驶，起讫站调整为鹏瑞颐璟府公交首末站龙泽苑公交首末站，并划转至二分公司（五和车队）；B865路、M566路、M572路、高快巴士10号划转至二分公司（裕展车队）；M568路划转至二分公司（宝吉车队）；高快巴士43号划转至二分公司（观澜车队）。

2025年03月05日，东部公交M572路（新田和记总站深圳北站交通枢纽公交场站（二层））调整走向，起讫站调整为传音智汇广场公交首末站深圳北站交通枢纽公交场站（二层）。