2004年12月26日，公交总公司新辟139路，起讫站为省农科院吴家边。

2007年02月12日，因地铁2号线施工需要，公交总公司29路（省农科院五洲装饰城）线路延伸，起讫站调整为柳营五洲装饰城；139路（省农科院吴家边）缩线行驶，起讫站调整为柳营吴家边。

2007年08月18日，公交总公司139路（柳营吴家边）线路延伸，为方便翠林山庄经济适用房小区居民出行，同时解决线路终点站问题，起讫站调整为柳营金尧路（翠林山庄）。

2014年09月14日，为方便尧化门地区市民公交出行，江南公交139路（柳营金尧路（翠林山庄））调整走向，起讫站调整为柳营翠林总站；330路（仙林中心站尧佳路东）调整走向，起讫站调整为仙林中心站翠林总站。

2025年06月15日，为方便市民出行，同时为综合利用公交场站等资源南京公交139路（柳营翠林总站）线路延伸，起讫站调整为钟灵街翠林总站。