1965年08月，公共汽车公司为炮兵司令部机关开设接送专车。

1966年05月13日，公共汽车公司原为炮兵司令部机关开设的接送专车改为营业线路，首末站为动物园红旗村，命名为60路。

1966年06月27日，公交总公司60路（动物园红旗村）将首车及末二班车延长为动物园香山。

1972年11月，公共汽车公司在整理1972年客流调查资料后，提出开调线路的方案时，发现市区线路编号以30路为上限已不够使用，于是把由公共汽车所辖的郊区线路编号加上300。31路（平安里中关村）更名为331路；32路（动物园颐和园）更名为332路；33路（颐和园香山）更名为333路；34路（动物园永定路）更名为334路；35路（展览路丰台火车站）更名为335路；36路（展览路门头沟）更名为336路；37路（宣武门石景山）更名为337路；38路（宣武门永乐小区）更名为338路；39路（广安门云岗）更名为339路；40路（广安门丰台）更名为340路；41路（永定门万源路）更名为341路；42路（郎家园万寿宫/造纸厂）取消高峰时间联运，改为342路（郎家园通县）和317路（通县造纸厂）；43路（虎坊路三营门）更名为343路；44路（德胜门回龙观）更名为344路；45路（德胜门昌平）更名为345路；46路（颐和园温泉/西山农场）更名为346路；47路（动物园八大处）更名为347路；48路（方巾巷炼焦厂）更名为348路；49路（三营门南大红门）更名为349路；50路（朝阳门东坝）更名为350路；51路（右安门丰台）更名为351路；52路（光明楼小红门）更名为352路；53路（三营门丰台）更名为353路；54路（丰台火车站石景山）更名为354路；55路（中关村清河）更名为355路；56路（云岗大灰厂）更名为356路；57路（昌平高崖口）更名为357路；58路（安定门立水桥）缩短为地坛立水桥，同时更名为358路；59路（东直门首都机场）更名为359路；60路（动物园香山）更名为360路；61路（三营门旧宫）更名为361路；62路（颐和园东北旺公社）更名为362路；63路（八王坟红庄）更名为363路；64路（八王坟金盏路）更名为364路；65路（中关村体育学院）更名为365路；66路（永定门黄村）更名为366路。

2004年05月16日，第四客运分公司360路（动物园香山）更名为360路快车；360路支线（西直门闵庄南里）调整为西直门香山并更名为360路，同时保留原西直门闵庄南里车次为360路区间。

2018年10月12日，配合香山公交场站腾退，第四客运分公司318路（田顺庄香山）、331路（新街口豁口香山）、360路（西直门香山）、360路快车（香山动物园枢纽站）、698路（香山公主坟）的首（末）站由香山调整为香泉环岛。

2022年05月17日，按照海淀区疫情防控工作要求，途经海淀区的第一客运分公司450路；第三客运分公司62路；第四客运分公司305路、360路、437路、563路、575路、651路、专28路、专147路、374路、专129路采取暂停运营措施；前期采取区间运营措施的第四客运分公司145路、362路、375路、438路、644路、686路改为暂停运营。

2022年06月06日，按照疫情防控工作要求，前期受经海淀区疫情封控影响的第一客运分公司300路快车内环、300路快车外环、450路、604路；第三客运分公司585路；第四客运分公司145路、305路、331路、332路、347路、360路、384路、424路、437路、438路、534路、563路、601路、651路、686路、专12路、专28路、专129路、专144路、专147路、夜8路；电车客运分公司80路、专168路恢复全线运营；第一客运分公司307路；第四客运分公司362路、509路恢复区间运营。