2010年06月01日，崇明巴士申崇班车线更名为申崇三线。

2010年07月01日，配合中环共和新路综合客运交通枢纽启用，崇明巴士申崇一线、申崇三线终点站由北区汽车站调整至汶水路共和新路。

2012年12月，申崇三线、申崇三线区间调整为由崇明巴士、巴士五汽共同运营。

2016年01月，申崇三线、申崇三线区间调整为由崇明巴士单独运营。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，崇明巴士所有公交线路暂停运营。

2022年06月01日，崇明巴士所有线路恢复运营。