1965年09月01日,公共汽车公司原东直门首都机场的长途线改为公共汽车郊区线路,命名为59路。
1972年11月,公共汽车公司在整理1972年客流调查资料后,提出开调线路的方案时,发现市区线路编号以30路为上限已不够使用,于是把由公共汽车所辖的郊区线路编号加上300。31路(平安里中关村)更名为331路;32路(动物园颐和园)更名为332路;33路(颐和园香山)更名为333路;34路(动物园永定路)更名为334路;35路(展览路丰台火车站)更名为335路;36路(展览路门头沟)更名为336路;37路(宣武门石景山)更名为337路;38路(宣武门永乐小区)更名为338路;39路(广安门云岗)更名为339路;40路(广安门丰台)更名为340路;41路(永定门万源路)更名为341路;42路(郎家园万寿宫/造纸厂)取消高峰时间联运,改为342路(郎家园通县)和317路(通县造纸厂);43路(虎坊路三营门)更名为343路;44路(德胜门回龙观)更名为344路;45路(德胜门昌平)更名为345路;46路(颐和园温泉/西山农场)更名为346路;47路(动物园八大处)更名为347路;48路(方巾巷炼焦厂)更名为348路;49路(三营门南大红门)更名为349路;50路(朝阳门东坝)更名为350路;51路(右安门丰台)更名为351路;52路(光明楼小红门)更名为352路;53路(三营门丰台)更名为353路;54路(丰台火车站石景山)更名为354路;55路(中关村清河)更名为355路;56路(云岗大灰厂)更名为356路;57路(昌平高崖口)更名为357路;58路(安定门立水桥)缩短为地坛立水桥,同时更名为358路;59路(东直门首都机场)更名为359路;60路(动物园香山)更名为360路;61路(三营门旧宫)更名为361路;62路(颐和园东北旺公社)更名为362路;63路(八王坟红庄)更名为363路;64路(八王坟金盏路)更名为364路;65路(中关村体育学院)更名为365路;66路(永定门黄村)更名为366路。
2010年01月26日,第一客运分公司24路、201路、379路、614路划转至第七客运分公司;8路、42路、60路划转至电车客运分公司;305路划转至新奥客运分公司。第二客运分公司20路、203路划转至第六客运分公司;300路内环划转至新奥客运分公司。第四客运分公司7路划转至第二客运分公司;10路、204路内环、204路外环、334路划转至第六客运分公司。第五客运分公司352路划转至第二客运分公司;359路划转至第七客运分公司;300路外环、378路、439路划转至新奥客运分公司。第六客运分公司631路、631路快车划转至第二客运分公司;356路、480路划转至第三客运分公司;58路、212路、311路、318路、327路、385路、396路、663路划转至双层客运分公司。第七客运分公司119路、125路、407路、426路划转至第一客运分公司;104路快车、110路、116路、515路、823路划转至电车客运分公司。电车客运分公司653路划转至第一客运分公司;410路、456路划转至第二客运分公司;411路划转至第五客运分公司。新奥客运分公司681路、699路、839路划转至第一客运分公司,477路、658路、694路、697路、717路划转至第三客运分公司;509路、518路划转至第四客运分公司;75路、635路、718路划转至第五客运分公司;64路、611路、612路划转至第六客运分公司;605路、682路、701路划转至第七客运分公司。专线客运分公司482路、498路、562路划转至第四客运分公司;457路、561路划转至第五客运分公司;802路划转至第六客运分公司;467路、660路、677路划转至第七客运分公司。双层客运分公司504路、679路划转至第二客运分公司;678路、692路划转至第三客运分公司;489路、746路划转至第四客运分公司;527路、728路划转至第六客运分公司;707路划转至第七客运分公司。
2010年10月26日,北京公交集团撤销原第三客运分公司、第七客运分公司,两分公司线路划转至其他分公司运营。第一客运分公司接收第三客运分公司658路、694路;第七客运分公司24路、120路、131路、201路、208路、379路、536路、659路。第二客运分公司接收第三客运分公司5路、49路、67路、340路、349路、390路、497路、603路、678路、三环临线。第四客运分公司接收第三客运分公司40路、45路、46路、47路、332路、507路、613路、697路、717路。第五客运分公司接收第七客运分公司122路、126路、211路、412路、419路、420路、421路、494路、503路、605路、628路、639路、640路、682路。第六客运分公司接收第三客运分公司63路、72路、205路、309路、321路、321路区间、323路、323路快车、477路、480路、604路、661路、692路。电车客运分公司接收第三客运分公司6路、22路、38路、82路、394路;第七客运分公司55路、113路、132路、210路、359路、401路、418路。双层客运分公司接收第三客运分公司77路、339路、339路区间、356路、391路、452路、458路、459路、550路、616路、646路、662路,同时更名为第三客运分公司。专线客运分公司接收第七客运分公司402路、403路、405路、413路、424路、431路、445路、446路、467路、516路、538路、595路、629路、656路、660路、677路,同时更名为第七客运分公司。新奥客运分公司接收第三客运分公司44路外环、44路内环;第七客运分公司130路、404路、406路、408路、409路、415路、416路、417路、422路、470路、471路、547路、630路、657路、701路、707路,同时更名为第八客运分公司。
2015年05月26日,第一客运分公司13路、21路、24路、62路、65路、119路、120路、125路、301路、569路、快速公交3线|BRT3、快速公交3线区间|BRT3区间、专22路划转至电车客运分公司;132路划转至第八客运分公司;659路划转至第七客运分公司;328路划转至第四客运分公司。第二客运分公司2路、5路、7路、12路、14路、17路、19路、25路、36路、39路、56路、59路、69路、70路、71路、525路、603路、685路、快速公交1线|BRT1、专26路、专56路划转至电车客运分公司;66路、511路、556路、夜12路划转至第三客运分公司;夜15路划转至第六客运分公司。第三客运分公司523路、623路、736路、741路、专96路划转至第二客运分公司;318路、327路、385路、396路、472路、473路、663路、特6路、特10路、特19路、专91路、专108路、专109路、专110路、融景城便民班车划转至第六客运分公司;469路、505路、508路、539路、579路、特4路、特5路划转至第四客运分公司。第四客运分公司15路、16路、26路、45路、46路、47路划转至电车客运分公司;专13路划转至第二客运分公司;395路划转至第三客运分公司。第五客运分公司9路、43路、75路、95路、635路、快速公交2线|BRT2、快速公交2线区间|BRT2区间划转至电车客运分公司;421路划转至第八客运分公司;639路划转至第七客运分公司。第六客运分公司10路、20路、夜17路划转至电车客运分公司;63路、83路、309路、310路、313路、321路、321路区间、323路、338路、351路、354路、451路、477路、480路、661路、692路、专27路划转至第三客运分公司。第七客运分公司特12路内环、特12路外环、夜20路划转至电车客运分公司;467路、660路、677路、专112路、专116路划转至第八客运分公司;54路、684路划转至第二客运分公司;549路、608路划转至第四客运分公司;8路、674路划转至第五客运分公司;689路划转至第一客运分公司。第八客运分公司44路内环、44路外环划转至电车客运分公司;378路、602路划转至第二客运分公司;645路划转至第六客运分公司;特16路划转至第七客运分公司;72路划转至第三客运分公司;630路、696路、698路、714路划转至第四客运分公司;466路划转至第一客运分公司。电车客运分公司359路、418路、夜10路划转至第七客运分公司;423路划转至第三客运分公司。同日起原有的两家分公司联营的夜班线路全部取消联营,由一家分公司独立运营,第二客运分公司与电车客运分公司联营的夜2路由电车客运分公司运营;第四客运分公司与第五客运分公司联营的夜3路由第四客运分公司运营;第三客运分公司与第六客运分公司联营的夜5路由第六客运分公司运营;第一客运分公司与第五客运分公司联营的夜6路由第五客运分公司运营;第三客运分公司与第六客运分公司联营的夜7路由第三客运分公司运营;第四客运分公司与第五客运分公司联营的夜13路由第五客运分公司运营;第一客运分公司与第三客运分公司联营的夜14路、夜18路由第一客运分公司运营;第四客运分公司与第六客运分公司联营的夜21路由电车客运分公司运营;第一客运分公司与第二客运分公司联营的夜24路由电车客运分公司运营;第一客运分公司与第五客运分公司联营的夜34路由第五客运分公司运营;第一客运分公司与第六客运分公司联营的夜36路由第三客运分公司运营。
2022年05月11日,按照顺义区疫情防控工作要求,途经顺义区的第一客运分公司696路;第二客运分公司359路、640路;第五客运分公司924路;第七客运分公司834路、850路、855路、856路、915路、918路、945路、970路采取区间运营措施;第七客运分公司850路快车、915路快车、933路、935路、935路快车、942路、942路快车、H52路、H53路、H54路采取暂停运营措施。
2022年05月29日,按照疫情防控工作要求,前期受顺义区疫情管控影响的第一客运分公司696路;第二客运分公司359路、640路;第五客运分公司924路、第七客运分公司834路、850路、850路快车、855路、856路、915路、915路快车、918路、933路、935路、935路快车、942路、942路快车、945路、970路、S101路;第八客运分公司962路恢复全线正常运营。
2023年01月01日,第一客运分公司18路划转至电车客运分公司。第二客运分公司122路划转至电车客运分公司;359路、405路、538路、586路划转至第七客运分公司。第三客运分公司585路划转至第四客运分公司。第四客运分公司27路、40路、85路、86路、645路、专98路划转至电车客运分公司。第五客运分公司828路、849路、940路、943路划转至第六客运分公司。