2014年08月14日，江南公交808路更名为Y8路，809路更名为Y9路，811路更名为Y11路，813路更名为Y13路，823路更名为Y23路，游5路更名为205路。

2019年11月01日，因南京公交集团整体改制，原江南公交第五巴士公司负责运营的6路、10路、12路、18路、22路、24路、30路、31路、34路、53路、54路、78路、95路、117路、118路、134路、162路、302路、307路、337路、Y2路、Y9路、Y10路、Y15路整建制并入改制后的第一客运公司（原第一巴士公司）运营管理，第五巴士公司不再保留。

2021年12月08日，因郑和中路与中山北路交叉口处污水管线施工，南京公交31路、34路、Y9路、Y10路、Y15路原“中山码头”下客站临时调整至中山码头北。【至2022年3月13日恢复】

2022年10月27日，晚10时起，根据南京市疫情防控工作的相关要求，南京公交24路、64路、71路、76路、79路、101路、105路、125路、131路、140路、145路、175路、176路、177路、300路、308路、311路、331路、332路、333路、334路、336路、341路、K1路、K2路、Y2路、Y9路、Y15路、Y23路暂停服务。【至2022年11月6日恢复】

2024年12月11日，为优化夜间公交线网布局，提升线路运行效率，南京公交Y1路（南京站·南广场西太平南路·夫子庙【上行】/建康路·夫子庙南京站·南广场西【下行】）线路延伸，起讫站调整为南堡公园太平南路·夫子庙【上行】/建康路·夫子庙南堡公园【下行】；Y10路（中山码头墨香路总站）调整走向，起讫站调整为南堡公园西墨香路总站。同时Y9路、Y19路停止运营。