2013年12月31日，崇明巴士新辟崇明东滩1路、崇明乡村11路。

2020年04月11日，崇明巴士南建专线临时改道，桥鼻港桥至三星镇各车站不再停靠，同步新辟南建专线短驳（新建水闸协进村）。南新专线临时拆分为南新专线区间（南门汽车站友爱商店（无为寺））、南新专线短驳（新海农场协进村）。另新辟崇明乡村11路区间（草棚镇安南村）以解决草棚镇居民出行问题。（至2020年09月01日恢复）

2020年05月07日，崇明巴士崇明乡村11路区间停止运营。

2020年09月01日，崇明巴士崇明乡村11路临时停运。（至2021年04月恢复）

2022年03月28日，根据疫情防控要求，崇明巴士所有公交线路暂停运营。

2022年06月01日，崇明巴士所有线路恢复运营。