2010年12月01日，崇明巴士新辟申崇三线区间。

2012年12月，申崇三线、申崇三线区间调整为由崇明巴士、巴士五汽共同运营。

2016年01月，申崇三线、申崇三线区间调整为由崇明巴士单独运营。

2022年03月20日，根据疫情防控要求，自11时起，申崇三线区间、申崇六线B线崇明终点站临时调整至陈家镇（长江大桥）。（至2022年03月22日恢复）

2022年03月28日，根据疫情防控要求，崇明巴士所有公交线路暂停运营。

2022年06月01日，崇明巴士所有线路恢复运营。