2002年07月01日，为配合轻铁杯渡路架空路轨工程动工，九铁轻铁506线暂停服务，并新增临时巴士506线代替，来往屯门码头友爱。

2003年08月31日，杯渡路架空路轨工程完竣，唯轻铁列车数量不足，九铁巴士506线继续维持服务。

2007年12月02日，九广铁路公司和地下铁路有限公司合并成为香港铁路有限公司，全数由九铁公司营办的巴士线路改为港铁巴士营办。

2009年10月12日，港铁巴士506线由友爱延长至兆麟，改为来往屯门码头兆麟。