2004年10月03日，775路、789路、980路、隧道五线、机场六线由延安东路隧道改走复兴东路隧道。

2012年07月25日，浦东上南789路由四分公司划归二分公司运营管理。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，浦东公交（浦东杨高、浦东上南、浦东金高、浦东南汇）除机场七线外所有线路暂停运营。

2022年05月27日，浦东上南83路、161路、572路、583路、604路、638路、784路、786路、789路、981路、1003路、1007路、1012路、1013路、1021路、1034路、1049路、1050路、1076路、1083路、1118路、1122路、1131路、浦东36路、浦东43路、浦东73路、浦东80路、浦东100路、花木2路恢复运营。

2024年04月01日，浦东上南二分公司拆分：83路、84路、572路、780路、786路、789路、970路、1003路、1050路、1076路、浦东43路、隧道一线、北蔡2路划入六分公司，1048路、1049路、1118路、978路划入三分公司，机场七线划入一分公司。