1994年12月05日，公交总公司902路（西直门清河）延长为西直门小营西站，同时新辟月票有效的392路（西直门小营西站）。

1997年12月18日，公交总公司365路支线（保福寺马连洼）延长为保福寺西二旗，392路（西直门小营西站）延长为西直门西二旗。

2002年05月26日，启用西二旗新停车场，第四客运分公司365路支线（西二旗西苑）延长为西二旗北站西苑，392路（西直门西二旗）延长为西直门西二旗北站，902路（西直门西二旗）延长为西直门西二旗北站。

2004年04月15日，为缓解北京市区交通拥堵，合理配置线路资源，方便市民乘车，减少因配置不合理造成的拥堵和秩序混乱，在市交通委的领导下，市运管局、市交管局、公交总公司认真分析各方意见，反复勘察线路，在充分论证的基础上，对一批线路进行整合。第一客运分公司3路（北京游乐园北京游乐园）与第二客运分公司12路（五间楼广渠门）合并，改为12路（五间楼五间楼）；第三客运分公司5路（前门德胜门）与53路（前门菜户营）合并，改为5路（菜户营德胜门）；第三客运分公司6路（六里桥北京游乐园）与50路（丽泽桥永安路）合并，改为6路（丽泽桥北京游乐园）；第四客运分公司26路（西钓鱼台官园）与392路（西直门西二旗北站）合并，改为392路（西二旗北站西钓鱼台）；第二客运分公司54路（北京站海户屯）与59路（前门大观园）合并，改为59路（大观园北京站）；第二客运分公司63路（北京站方庄南口）与366路支线（左安门福苑小区）合并，改为366路支线（北京站福苑小区）；第四客运分公司301路（北宫门小牛坊）与384路（北宫门人民大学）合并，改为384路（永丰站人民大学）；第五客运分公司316路（通州北苑大稿新村）与319路（通州北苑龙旺庄小区）合并，改为316路（龙旺庄小区大稿新村）；第四客运分公司326路（圈门六区地铁站）与370路（公主坟廖公庄）合并，改为370路（圈门公主坟）；第一客运分公司379路（左家庄育新小区）与379路支线（和平街北口洼里乡政府）合并，改为379路（左家庄育新小区）。

2014年08月26日，第四客运分公司392路（西二旗北站西钓鱼台）缩短为西二旗北站西直门南、车公庄北西二旗北站。

2018年08月17日，第四客运分公司333路（安宁庄东路南口安宁庄东路南口）调整为安宁庄东路南口西苑，392路（西二旗北站西直门南、车公庄北西二旗北站）同步调整为西二旗北站海淀桥东。

2022年05月12日，按照海淀区疫情防疫工作要求，途经海淀区清河街道及周边划定重点区域的第四客运分公司专29路、专60路、专85路采取暂停运营措施；第一客运分公司专89路、第四客运分公司320路、333路、362路、392路、446路、509路、521路、544路、570路、609路、632路、688路、专128路、夜4路；第八客运分公司902路、963路采取区间运营措施；途经海淀区北太平庄街道重点区域的电车客运分公司专168路采取暂停运营措施；第一客运分公司620路；第三客运分公司69路；第四客运分公司145路、331路、347路、375路、438路采取区间运营措施。

2022年06月08日，按照疫情防控工作要求，前期受海淀区疫情封控影响的第一客运分公司307路、520路、专89路；第四客运分公司333路、355路、374路、375路、392路、393路、398路、446路、570路、575路、632路、688路、693路、专60路、专85路恢复全线运营；第一客运分公司371路恢复区间运营。