2001年03月01日，昆明市公共汽车总公司新辟90路，起讫站为黄土坡锦苑花园。

2008年01月08日，昆明公交集团90路（黄土坡时代风华小区（云南康乐茶文化城））线路延伸，起讫站调整为黄土坡双凤路。

2011年03月05日，为适应公交客运市场发展需要，增加公交服务多样性，进一步提升公交服务品质，满足市民出行需求，昆明公交集团新辟公交特色服务专线1路专线、52路专线、55路专线、62路专线、66路专线、69路专线、72路专线、74路专线、82路专线、83路专线、84路专线、90路专线、107路专线、118路专线、129路专线、140路专线、148路专线。公交特色服务专线起讫站与原有线路一致，优先选用大容量、高舒适度车型，专线车实行“优质高效”特色公交服务票制票价，票价按两元/人次执行，仅使用普通公交IC卡，使用学生卡、爱心卡、优惠卡的乘客乘坐特色服务专线车可选择使用卡内电子钱包或投币。

2016年10月，昆明公交集团90路（黄土坡双凤路）终到站更名，起讫站同步调整为黄土坡假日湾小区（锦西路）。

2020年02月22日，按照昆明市应对新型冠状病毒感染肺炎疫情工作领导小组指挥部《关于恢复和调整昆明市道路、水路旅客运输及主城区部分城市公共交通运营的通告》有关要求及工作安排，昆明公交集团将部分恢复昆明市主城区公交线路。因疫情防控需要，线路将采取“跨站停靠”运行模式，具体恢复运营线路如下：1路、2路、3路、4路、5路、8路、9路、10路、23路、26路、32路、44路、54路、55路、61路、62路、66路、69路、72路、75路、79路、82路、83路、84路、89路、90路、91路、96路、101路、104路、105路、108路、111路甲、111路乙、113路、116路、118路、119路、127路、129路、146路、161路、168路、171路、191路、213路、236路、K9路、K12路、K15路、K19路、Z27路、Z28路。恢复线路将严格落实有关防控措施，切实维护公共卫生安全，乘车需佩戴口罩，对不佩戴口罩的乘客，公交驾驶员及监督员将劝导其佩戴口罩，乘客上下车时应主动完成“云南疫情通”扫码登记。

2020年07月10日，为配合黄土坡公交车场进行施工改造，昆明公交集团将对黄土坡公交车场始发及途经的公交线路进行调整，26路（黄土坡车场关上（民航路））调整走向，起讫站调整为巫家坝车场黄土坡；127路（黄土坡车场商汇路）线路延伸，起讫站调整为海源寺车场商汇路；233路（黄土坡车场海埂公园（滇池路））线路延伸，起讫站调整为高新区车场海埂公园（滇池路）；266路（黄土坡车场云南省阜外医院（沙河北路））线路延伸，起讫站调整为大漾田公交首末站黄土坡；90路（黄土坡车场假日湾小区（锦西路））线路延伸，起讫站调整为高新区车场假日湾小区（锦西路）；106路（黄土坡车场滇池卫城小区）线路延伸，起讫站调整为大漾田公交首末站滇池卫城小区；133路（黄土坡车场家乐福（世纪广场））线路延伸，起讫站调整为高新区车场家乐福（世纪广场）；Z41路（黄土坡车场沙河路口（五华吾悦广场））线路延伸，起讫站调整为大漾田公交首末站黄土坡；56路（高新区车场家乐福（世纪广场））线路延伸，起讫站调整为海源寺车场家乐福（世纪广场）；停止运营138路、239路、Z77路。相关线路调整后，运营时间、票制票价不变。

2020年07月30日，昆明公交集团90路（高新区车场假日湾小区（锦西路））缩线行驶，起讫站调整为黄土坡假日湾小区（锦西路）。

2021年01月21日，为合理安排黄土坡片区公交线路覆盖分布，昆明公交集团90路（黄土坡假日湾小区（锦西路））调整走向，去程调整至黄土坡后街始发，回程线路不变，起讫站同步调整为黄土坡后街假日湾小区（锦西路）/假日湾小区（锦西路）黄土坡。

2023年02月18日，为加强西北新城片区公交服务，昆明公交集团对90路（黄土坡后街假日湾小区（锦西路）/假日湾小区（锦西路）黄土坡）进行线路延伸，起讫站调整为小屯路公交车场假日湾小区（锦西路）/假日湾小区（锦西路）科普路口（王筇路）。新增站点：小屯路公交车场（去程起始站）、科普路口（王筇路）（回程终到站）、研科路口（昆武辅道）、大塘路口（昆武辅道）（去）、黄土坡立交桥北口、黄土坡、普吉路口（滇缅大道）（去）。取消站点：黄土坡后街（原起始站）。线路调整后，运营时间、票制票价不变。