2005年07月31日，公交总公司41路（兴隆陶瓷城新街口）缩线行驶，因兴隆陶瓷城拆迁施工，起讫站调整为所街新街口。

2005年10月09日，公交总公司41路（所街新街口）调整走向，起讫站调整为河西金陵中学新街口南。

2013年09月26日，南京公交雅高巴士有限公司委托南京公共交通（集团）有限公司运营管理。原定改称为南京江南公交客运有限公司第六巴士公司，未实际执行。

2014年01月26日，江南公交第三巴士、雅高巴士互换经营权，第三巴士313路划归雅高巴士运营管理，雅高巴士41路划归第三巴士运营管理。

2014年01月26日，为解决河西中南部中和村经适房居民公交出行问题，覆盖恒山路公交空白，优化公交线网布局，江南公交41路起讫站“河西金陵中学”，85路、92路起讫站“双和园”延伸至中和村。【18路、41路起讫站“新街口南”同步更名为石鼓路·新街口】

2020年03月15日，为配合河西南新场站交付使用，南京公交41路、305路起讫站由“中和村”延伸至中和路·高庙路。