2005年02月，昆山公交新辟昆山126路，起讫站为汽车站正仪。

2006年12月27日，为配合昆山市汽车客运中心站正式启用，昆山公交新辟昆山88路，起讫站为老客站新客站，昆山3路、昆山103路、昆山117路起讫站由火车站调整为新客站，昆山6路起讫站由中华园调整为新客站，昆山16路起讫站由中大柏庐天下调整为新客站，昆山18路起讫站由百润发调整为新客站，昆山122路、昆山124路、昆山126路起讫站由汽车站调整为新客站。原汽车站更名为老客站。

2012年02月20日，昆山公交昆山126路（汽车客运南站正仪景福路）线路延伸，起讫站调整为汽车客运南站唯亭便利中心。

2019年01月22日，昆山公交昆山126路（汽车客运南站唯亭便利中心）缩线行驶，起讫站调整为汽车客运南站朱街首末站东。

2022年02月14日，受疫情影响，昆山公交昆山C1线、昆山C2线、昆山C3线、昆山C5线、昆山C7线、昆山C8线、昆山C9线、昆山C10线、昆山C11线、示范区6路、昆山121路暂停运营，昆山109路临时调整为火车站北广场望江桥，昆山126路临时调整为汽车客运南站君子亭路环城西路，昆山272路临时调整为巴城小学武神潭。

2022年03月09日，前期受疫情影响暂停运营、缩线运营的昆山公交昆山C1线、昆山C2线、昆山C8线、昆山C9线、昆山C10线、昆山109路、昆山121路、昆山126路、昆山272路恢复正常运营。

2022年03月14日，受疫情影响，昆山公交昆山C1线、昆山C2线、昆山C9线、昆山C10线、昆山121路暂停运营，昆山109路终点由黄桥村临时调整为望江桥，昆山126路终点由朱街首末站东临时调整为君子亭花园，昆山272路终点由莲花村临时调整为武神潭。（至2022年6月3日恢复正常运营）

2022年04月04日，因疫情防控，昆山公交昆山30路、昆山82路、昆山126路、昆山134路、昆山156路、昆山158路、昆山159路、昆山161路、昆山微巴6号线以及高新区域公交昆山202路、昆山203路、昆山204路、昆山205路、昆山207路、昆山208路暂停运营。

2022年06月07日，因君子亭路部分路段封闭施工，昆山公交昆山126路（朱街首末站东汽车客运南站）临时缩线行驶，起讫站调整为城铁阳澄湖站汽车客运南站。（至2023年4月15日恢复）