2005年12月16日，按照统一规范公交线路路号和站名的计划，北京公交集团公布了对部分带“支”字线路的路号和部分“9”字头线路路号重新规范的第二批更名计划，涉及北京公交集团和北京巴士的部分线路。39路支线（城外诚建材城北京站）变更为25路；120路支线（甘露园前门）变更为126路；320路支线（北京西站西苑）变更为319路；373路支线（衙门口公主坟）变更为436路；374路支线（北京西站颐和园南门）变更为437路；413路支线（南十里居单店）变更为424路；417路支线（鲁疃安定门）变更为426路；406路支线（单店十条豁口）变更为431路；605路支线（公主坟西道口）变更为612路，同时调整为马场公主坟；727路支线（北京西站海䴖落）变更为722路；732路支线（颐和园寿宝庄）变更为712路，同时调整为颐和园团河北村；744路支线（王佐站北京站东街）变更为739路；803路支线（二拔子新村安定门）变更为805路；817路支线（杜家坎宝盛里小区）变更为809路；819路支线（宏福苑小区翡翠城小区）路号变更为839路；846路支线（东潞苑小区定慧桥）变更为855路；901路（阜成路黄村火车站）变更为631路，901路快车（阜成路黄村火车站）变更为631路快车；905路（长丰园南站颐和园南门）变更为635路；908路（北京站东街黎各庄）变更为639路；908路支线（北京站东街半壁店）变更为640路；921路（大峪东湖）变更为645路，同时缩短为大峪民族园路；932路（小红庙金五星百货城）变更为650路；941路（恩济西街北苑家园）变更为653路；946路（城外诚建材城定慧桥）变更为654路；946路支线（八里河卫生院）变更为655路，同时调整为方庄南口鹿圈卫生院；953路（左家庄黎各庄）变更为659路；962路（黄村火车站白石桥）变更为660路；965路（五芳园西站黑石头村）变更为663路，同时调整为苹果园南小马厂。

2007年01月10日，第六客运分公司319路改由双层客运分公司（原特1路车队）运营。

2009年12月29日，配合西苑公交枢纽竣工，北京公交集团319路、320路、393路、432路、476路、509路、671路进驻西苑枢纽站。

2014年05月10日，为整合线路路号资源，规范线路路号的使用，北京公交集团623路（东直门枢纽站北京西站）路号变更为3路；83路（国家体育馆公交场站北京西站）路号变更为特13路；54路（岳家楼桥城南嘉园北）路号变更为特14路；85路（国家体育馆公交场站西直门）路号变更为特15路；406路（慧忠里单店）路号变更为特16路；72路（北京南站南广场北京西站南广场）路号变更为特17路；320路（北京西站西苑枢纽站）路号变更为特18路；319路（北京西站西苑枢纽站）路号变更为特19路。