2014年08月20日，江南公交802路更名为Y2路；803路更名为Y3路；804路更名为Y4路；805路更名为Y5路；806路更名为Y6路；807路更名为Y7路；810路更名为Y10路；812路更名为Y12路；814路更名为Y14路；Y15路更名为Y15路；818路更名为Y18路；819路更名为Y19路；820路更名为Y20路；822路更名为Y22路；824路更名为Y24路。

2022年07月11日，因惠民大道改造工程需要，“南京西站”公交场站临时占用，南京公交10路、39路、Y3路、Y16路、Y18路起讫站调整至江边路总站；16路、21路起讫站调整至中山码头北；539路（泰冯路地铁站惠民桥【上行】/南京西站泰冯路地铁站【下行】）调整走向，起讫站调整为泰冯路地铁站挹江门。

2025年01月11日，为优化夜间公交线网布局，提升线路运行效率，南京公交Y3路（公交车辆厂江边路总站）调整走向，起讫站调整为公交车辆厂南京站·南广场西，同时Y15路停止运营；Y4路（银城东苑新街口西）调整走向，起讫站调整为银城东苑大桥南路总站【上行】/大桥南路总站紫金南苑【下行】。Y7路（瑞金路宜悦街）调整走向，起讫站调整为银城东苑宜悦街，同时Y18路停止运营；Y11路（宁工新寓南京站·南广场东）调整走向，起讫站调整为宁工新寓燕江新城总站；Y23路（尧化门总站南京站·南广场西）缩线行驶，起讫站调整为尧化门总站南京站·南广场东。