2012年11月08日，浦东南汇新辟1040路、1041路、祝桥5路。

2020年11月09日，配合疫情防控工作，浦东南汇1040路自该日上午7点20分起临时停运。2021年01月01日恢复运营。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，浦东公交（浦东杨高、浦东上南、浦东金高、浦东南汇）除机场七线外所有线路暂停运营。

2022年05月30日，浦东南汇1035路、1036路、1040路、1041路、1062路、1065路、1072路、1079路、1082路、1086路、1087路、1088路、1089路、1092路、1093路、1095路、1101路、1121路、1128路、1132路、1137路、浦东8路、浦东53路、浦东57路、浦东59路、浦东71路、浦东87路、浦东93路、浦东98路、浦东99路、浦东102路、川沙5路、大团2路、惠南2路、惠南8路、惠南10路、老港1路、六灶2路、南园1路、新场1路、新场2路、新场3路、新场5路、宣桥1路、祝桥1路、祝桥3路、龙大专线恢复运营。

2023年05月01日，浦东南汇二分公司1040路划归五分公司运营管理。