2017年09月08日，崇明巴士南同专线、南跃线、南风线始发站由南门汽车站搬迁至南门水陆换乘中心。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，崇明巴士所有公交线路暂停运营。

2022年06月01日，崇明巴士所有线路恢复运营。

2023年07月20日，配合林风公路道路全封闭翻修施工，崇明巴士南东专线（南门汽车站前卫村）临时缩线行驶，起讫站调整为南门汽车站东风新村；堡胜专线全程车（堡镇汽车站前卫村）临时缩线行驶，起讫站调整为堡镇汽车站东风新村；南风线临时取消建垦村班次。