2003年04月01日，由于长期缺乏专业管理，大部分车辆常年不按核定线路运营且无固定的发车时刻表，亚通客运牛堡线、南牛专线交由崇明大众统一承包管理。后两线均归并入复线的常规线路。亚通客运共计八台营运车辆分配至崇明大众其他线路继续运营，由崇明大众统筹调动。

2014年07月11日，配合北沿公路兴谷路至新海镇政府门口路段、宏海公路新海桥维护大修，崇明巴士南跃线临时分段行驶，线路拆分为南门汽车站北沿公路兴谷路与新海农场跃进农场。（计划至2014年10月30日恢复，实际2014年09月18日恢复）

2017年09月08日，崇明巴士南同专线、南跃线、南风线始发站由南门汽车站搬迁至南门水陆换乘中心。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，崇明巴士所有公交线路暂停运营。

2022年05月20日，崇明巴士城桥4路、南牛线、南跃线、南海线、南堡支线、南建专线、1712路、1713路、堡红线、堡四线、堡七线、堡陈专线、长兴1路、长兴3路、横沙3路、崇明东滩1路、崇明东滩3路恢复运营。