1990年11月25日，昆山汽车运输公司新辟昆山3路，起讫站为火车站火车站。

2006年12月27日，为配合昆山市汽车客运中心站正式启用，昆山公交新辟昆山88路，起讫站为老客站新客站，昆山3路、昆山103路、昆山117路起讫站由火车站调整为新客站，昆山6路起讫站由中华园调整为新客站，昆山16路起讫站由中大柏庐天下调整为新客站，昆山18路起讫站由百润发调整为新客站，昆山122路、昆山124路、昆山126路起讫站由汽车站调整为新客站。原汽车站更名为老客站。

2008年03月21日，昆山公交昆山3路、昆山19路实行公车公营无人售票服务。昆山19路同步延伸，起讫站调整为亿丰装饰城清华科技园。

2011年06月30日，为方便市民出行及认知，昆山公交原公交33路东环走向调整番号为昆山34路，原西环走向保留番号为昆山33路。原公交3路东环走向调整番号为昆山4路，原西环走向保留番号为昆山3路。