2012年01月03日，崇明巴士南隆专线（南门汽车站兴隆沙码头）缩线行驶，起讫站调整为南门汽车站永兴镇。

2015年09月28日，崇明巴士南隆专线（南门汽车站永兴镇）线路延伸，起讫站调整为南门汽车站绿地长岛停车场。

2020年01月27日，为配合上海市疫情防控措施，崇明巴士南隆专线（南门汽车站绿地长岛停车场）临时缩线行驶，起讫站调整为南门汽车站永隆镇。（至2020年03月26日，终点站恢复至永兴镇）

2022年03月28日，根据疫情防控要求，崇明巴士所有公交线路暂停运营。

2022年05月20日，崇明巴士恢复多条线路部分区间运营：南东专线恢复南门汽车站东纺厂区间运营；南隆专线恢复南门汽车站长征农场区间运营；南同专线恢复南门汽车站东平商店区间运营；堡胜专线恢复堡镇汽车站长江农场区间运营。

2022年12月16日，崇明巴士南隆专线恢复长征农场至长岛绿地停车场段行驶。