2005年11月26日，按照统一规范公交线路路号和站名的计划，北京公交集团公布了对部分带“支”字线路的路号和部分“9”字头线路路号重新规范的第一批更名计划。16路支线（二里庄西便门）变更为26路；41路支线（北京站弘燕桥）变更为29路；119路支线（地坛芍药居）变更为125路；309路支线（前门宛平小区）变更为301路；332路支线（六里桥颐和园）变更为394路；344路（德胜门回龙观小区）变更为344路快车，同时344路支线（德胜门二六一医院）变更为344路；345路支线（德胜门昌平东关）变更为345路快车；350路支线（东大桥东坝）变更为433路；355路支线（小营西站西二旗北站）变更为333路；358路支线（安定门种禽公司）变更为430路；366路支线（北京站福苑小区）变更为434路；372路支线（北苑梨园）变更为435路；375路支线（西直门永丰站）变更为438路；378路支线（左安东路百子湾火车站）变更为439路；603路支线（怡海花园西三旗）变更为604路；902路（小营西站五路）变更为632路；903路（小营西站杨坨）路号变更为633路；904路（西直门香山）变更为634路；907路（北京站东街次渠）变更为637路；907路支线（北京站东街焦化厂）变更为638路；911路（小营西站阳坊北站）变更为642路；912路（安定门九龙游乐园）变更为643路；912路支线（安定门北苑家园）变更为644路；922路（良乡闫村桥前门）变更为646路；928路（大北窑大马庄）变更为647路；928路支线（大北窑结研所）变更为648路；928路支1（疃里三区双龙小区）变更为649路；933路（温泉北站西直门）变更为651路；933路支线（上庄卫生院万泉庄）变更为652路；951路（南十里居东北旺中路）变更为656路；952路（东湖丰台路口）变更为657路；964路（太子峪陵园长椿街）变更为661路；964路支线（云岗一〇一所长椿街）变更为662路；973路（苹果园地铁城铁上地站）变更为664路。

2010年10月26日，北京公交集团撤销原第三客运分公司、第七客运分公司，两分公司线路划转至其他分公司运营。第一客运分公司接收第三客运分公司658路、694路；第七客运分公司24路、120路、131路、201路、208路、379路、536路、659路。第二客运分公司接收第三客运分公司5路、49路、67路、340路、349路、390路、497路、603路、678路、三环临线。第四客运分公司接收第三客运分公司40路、45路、46路、47路、332路、507路、613路、697路、717路。第五客运分公司接收第七客运分公司122路、126路、211路、412路、419路、420路、421路、494路、503路、605路、628路、639路、640路、682路。第六客运分公司接收第三客运分公司63路、72路、205路、309路、321路、321路区间、323路、323路快车、477路、480路、604路、661路、692路。电车客运分公司接收第三客运分公司6路、22路、38路、82路、394路；第七客运分公司55路、113路、132路、210路、359路、401路、418路。双层客运分公司接收第三客运分公司77路、339路、339路区间、356路、391路、452路、458路、459路、550路、616路、646路、662路，同时更名为第三客运分公司。专线客运分公司接收第七客运分公司402路、403路、405路、413路、424路、431路、445路、446路、467路、516路、538路、595路、629路、656路、660路、677路，同时更名为第七客运分公司。新奥客运分公司接收第三客运分公司44路外环、44路内环；第七客运分公司130路、404路、406路、408路、409路、415路、416路、417路、422路、470路、471路、547路、630路、657路、701路、707路，同时更名为第八客运分公司。

2013年03月26日，第三客运分公司646路（良乡阎村桥前门）调整中途走向，同时缩短为良乡阎村桥城南嘉园北。因调整后646路已覆盖原646路区间走向，646路区间（良乡阎村桥地铁西红门站）停驶。

2020年12月26日，第三客运分公司456路、616路、646路、专23路、专92路、专93路、专94路、快速直达专线119路、快速直达专线129路划转至第六客运分公司运营。

2022年05月04日，按照房山区疫情防控工作要求，途经房山区阎村镇封控区周边的第六客运分公司646路、833路、903路、F13路采取区间运营措施；F1路、F2路、F5路、F27路、F43路、F46路、F47路、F48路、F49路、F50路、F57路、F61路、F69路、F70路、F78路、F79路采取暂停运营措施。

2022年05月21日，按照丰台区疫情防控工作要求，途经丰台区的第一客运分公司300路快车内环、300路快车外环；第二客运分公司53路；第三客运分公司48路、49路、50路、51路、54路、66路、67路、69路、72路、77路、83路、90路、133路、134路、137路、139路、144路、309路、310路、313路、321路、323路、329路、339路、343路、349路、351路、353路、354路、356路、366路快车、368路内环、368路外环、369路、377路、381路、381通勤快车、391路、395路、423路、434路、454路、458路、459路、470路、474路、477路、480路、483路、483通勤快车、497路、501路、511路、524路、526路、529路、550路、555路、556路、565路、576路、602路、622路、627路、652路、665路、676路、676通勤快车、678路、679通勤快车、680路、692路、830路、843路、964路、978路、983路、专4路、专9路、专13路、专17路、专18路、专27路、专33路、专55路、专57路、专59路、专62路、专63路、专65路、专67路、专68路、专115路、专130路、专145路、专149路、专161路、专162路、专163路、专177路、专178路、专179路、专180路、专190路、专199路、专209路、夜7路、夜16路、夜23路；第四客运分公司52路、76路区间、327路、436路、481路、507路、574路、611路、专146路；第五客运分公司825路、997路；第六客运分公司456路、646路、845路、848路、903路、912路、946路、968路、969路；电车客运分公司17路、25路、39路、70路、71路、128路、专26路、专30路、专34路、专53路、专76路、专155路、专156路、专176路、夜15路采取暂停运营措施；第一客运分公司4路、141路、694路、夜18路；第三客运分公司84路、142路、324路、366路、485路、599路、631路、679路、685路、687路、夜12路、夜28路、夜36路；第四客运分公司40路、57路、68路、76路、568路、598路、603路、612路、夜4路；第五客运分公司820路、821路、849路；第六客运分公司827路、829路、840路、954路、957路；第八客运分公司890路、941路、941路快车、961路、977路；电车客运分公司2路、5路、6路、7路、12路、14路、19路、38路、43路、45路、46路、59路、88路、120路、专154路、夜2路、夜11路采取区间运营措施。

2022年06月02日，按照疫情防控工作要求，前期受房山区疫情封控影响的第六客运分公司831路、833路、906路、956路、专93路、专94路、F1路、F5路、F12路、F13路、F14路、F16路、F17路、F18路、F28路、F30路、F31路、F32路、F33路、F38路、F41路、F42路、F45路、F51路、F55路、F56路、F68路、F71路、F72路、F74路、F76路、F79路、F80路、F82路、F83路、F92路恢复全线运营；616路、646路、835路、837路、839路、901路快车、903路、904路、912路、917路快车、F11路、F15路、F26路、F34路、F35路、F37路、F52路、F53路、F54路、F63路、F70路、F75路、F81路恢复区间运营。

2022年06月09日，按照疫情防控工作要求，前期受丰台区疫情管控影响的第一客运分公司4路、694路、夜18路；第二客运分公司53路、第三客运分公司、48路、49路、50路、51路、54路、62路、66路、67路、69路、72路、77路、83路、90路、91路、93路、96路、97路、133路、134路、142路、144路、309路、310路、313路、321路、323路、324路、329路、338路、339路、343路、349路、351路、353路、354路、356路、366路快车、368路内环、368路外环、369路、377路、381路、381通勤快车、390路、391路、395路、400路快车内环、400路快车外环、423路、434路、452路、454路、458路、459路、470路、474路、477路、480路、483路、483通勤快车、485路、497路、501路、511路、529路、550路、556路、599路、602路、622路、627路、631路、652路、665路、676路、676通勤快车、678路、679路、679通勤快车、685路、687路、692路、830路、843路、964路、978路、983路、专3路、专4路、专9路、专13路、专18路、专27路、专33路、专55路、专57路、专59路、专63路、专65路、专67路、专68路、专115路、专130路、专145路、专149路、专161路、专162路、专163路、专177路、专178路、专179路、专180路、专190路、专199路、专209路、夜7路、夜12路、夜16路、夜23路、夜36路；第四客运分公司40路、52路、57路、64路、68路、76路、335路、436路、473路、481路、507路、531路、568路、603路、611路、612路、644路、专127路、夜4路；第五客运分公司820路、825路、990路、997路；第六客运分公司456路、616路、646路、827路、829路、832路、835路、836路、839路、840路、845路、895路、896路、901路、901路快车、903路、912路、917路、934路、946路、951路、952路、954路、957路、967路、968路、969路、971路、993路；第七客运分公司973路；第八客运分公司890路、941路、941路快车、948路、958路、959路、961路、977路、982路；电车客运分公司2路、5路、6路、7路、12路、14路、17路、19路、25路、38路、39路、43路、45路、46路、59路、70路、71路、74路、88路、120路、128路、专26路、专30路、专34路、专53路、专76路、专138路、专154路、专155路、专156路、专176路、夜2路、夜11路、夜15路恢复全线运营；第一客运分公司141路；第三客运分公司84路、139路、366路、524路、526路、555路、576路、夜28路、专17路、专62路、专189路；第四客运分公司327路、554路、574路、624路、634路、专146路；第五客运分公司821路、828路、943路、986路；第六客运分公司838路、917路快车恢复区间运营。