2003年04月，昆山公交新辟昆山125路，起讫站为汽车站张浦。
2008年11月27日，昆山公交昆山125路（老客站张浦中学）实行公车公营。
2013年06月08日，昆山公交取消昆山102路（A/B线）、昆山115路跃进路“老客站”始发点，将昆山102路（A/B线）始发点调整至柏庐路雍景湾站、将昆山115路始发点调整至柏庐路花鸟市场站。取消昆山82路、昆山108路、昆山125路跃进路“老客站”始发点，将始发点调整至朝阳路跃进路站。
2014年10月18日，昆山公交昆山125路（朝阳路跃进路张浦中学）调整走向，起讫站调整为火车站北广场张浦中学。
2021年12月24日，根据张浦镇第三期公交线网规划，结合张浦良渚实验学校首末站启用，昆山公交昆山125路（火车站北广场张浦中学）线路延伸，起讫站调整为火车站北广场张浦良渚实验学校。昆山高峰7号线（火车站南广场张浦中学）线路延伸，起讫站调整为火车站南广场张浦良渚实验学校。昆山230路（江南春堤首末站江南春堤首末站）调整走向，起讫站调整为张浦良渚实验学校江南春堤首末站。昆山231路（张浦客运站江南春堤首末站）调整走向，起讫站调整为张浦良渚实验学校江南春堤首末站。昆山232路（张浦汽车站张浦汽车站）调整走向，起讫站调整为张浦良渚实验学校江南春堤首末站。昆山233路（张浦汽车站姜里八卦场）调整走向，起讫站调整为张浦良渚实验学校姜里八卦场。
2023年06月24日，为加强昆山市公交与苏州轨交11号线的衔接，昆山公交对线网进行优化：①停运25路、137路、150路、高峰2号线。 ②调整部分既有线路：118路浦东软件园起讫站调整为浦东软件园首末站，125路（张浦良渚实验学校火车站北广场）因白马泾路首末站未完工，调整为张浦良渚实验学校超华商贸城，52路（汽车客运北站火车站南广场）调整为T2线（汽车客运北站昆山南站），微巴4号线（国际会展中心首创奥莱首末站）撤线并调整为W502路（白河潭公交微枢纽白河潭公交微枢纽），135路（汽车客运北站淀山湖汽车站）调整为国际会展中心淀山湖汽车站，28路（昆山南站城铁阳澄湖站）因白马泾路首末站未完工，缩线为昆山南站超华商贸城，155路（美琦新村轨道交通光明路站）缩线为美琦新村盛庄首末站，26路（体育中心首末站国际会展中心）延伸为中医院南国际会展中心，104路（市北村客运站体育中心首末站）因白马泾路首末站未完工，调整为市北村首末站超华商贸城，139路（新生公交首末站体育中心首末站）延伸为新生公交首末站中医院南，156路（张浦客运站体育中心首末站）延伸为张浦客运站中医院南，夜2线（荣心首末站首创奥莱首末站）延伸为荣心首末站蓬朗客运站，963路（慧聚广场东首创奥莱首末站）由于夏驾河公交微枢纽未完工，临时调整为金融街盛庄首末站。222路（轨道交通兆丰路站轨道交通光明路站）调整为轨道交通兆丰路站博览中心首末站。966路（薛赵路安博路轨道交通花桥站）调整为博览中心首末站轨道交通花桥站。 ③新辟24条线路：W505路（轨道正仪站轨道正仪站）、W506路（城铁阳澄湖站城铁阳澄湖站）、W507路（湖滨花园南湖滨花园南）、W508路（新江南·生活荟新江南·生活荟）、W509路（新江南·生活荟新江南·生活荟）、W510路（体育中心首末站体育中心首末站）、W511路（轨道江浦站轨道江浦站）、W512路（白马泾路红峰路白马泾路红峰路，后期调整为白马泾路首末站白马泾路首末站）、W513路（玉山广场西玉山广场西）、W515路（轨道绣衣站轨道绣衣站）、W516路（城市广场城市广场）、W517路（樾河路公交首末站樾河路公交首末站）、W518路（白河潭公交微枢纽新浦路公交首末站）、W519路（夏驾河公交微枢纽夏驾河公交微枢纽，初期临时走向为金融街金融街）、W520路（兵希兵希）、W521路（首创奥莱首末站世茂广场东）、W522路（首创奥莱首末站首创奥莱首末站，初期临时走向为首创奥莱首末站盛庄首末站）、W523路（博览中心首末站博览中心首末站，实际于2023年6月22日开始运营）18条微循环公交，夜3线（城市广场市北村客运站）、夜4线（玉山广场石牌）、夜5线（轨道共青站巴城客运站）、夜6线（轨道共青站锦溪客运站）、夜7线（城市广场千灯）5条夜间专线，T1线先导段（昆山南站鹿城路首末站）1条骨干线路。
2023年06月24日，昆山公交昆山135路由二分公司一车队调整至三分公司二车队运营管理，昆山第二中学定制由二分公司一车队调整至二分公司三车队运营管理，昆山125路、昆山高峰7号线、昆山震阳实验学校定制由一分公司三车队调整至五分公司一车队运营管理，昆山夜2线由五分公司一车队调整至五分公司三车队运营管理，昆山22路、昆山32路由五分公司三车队调整至五分公司二车队运营管理，昆山石浦中学定制2、昆山炎武小学西定制4由四分公司一车队调整至四分公司二车队运营管理。
2024年03月31日，昆山公交昆山109路（南港望江路火车站北广场）调整走向，起讫站调整为南港望江路白马泾路首末站。昆山125路（张浦良渚实验学校超华商贸城）调整走向，起讫站调整为张浦良渚实验学校同丰路洞庭湖路。昆山105路（石牌中学火车站北广场）调整走向，起讫站调整为石牌中学中医院南。新辟昆山373路（石牌中学新生公交首末站）。