2017年09月01日，深汕巴士新辟深汕2路，起讫站为赤石中学吉水门；新辟深汕3路，起讫站为小漠镇排角。

2018年10月29日，配合红海客运停业，深汕巴士重组深汕特别合作区公交线网：新辟深汕高峰专线2号，起讫站为深汕合作区管委会新杏村；新辟深汕高峰专线3号，起讫站为小漠镇百安村；新辟深汕高峰专线4号，起讫站为下北村鹅埠中心小学；新辟深汕高峰专线5号，起讫站为深汕合作区管委会赤石镇政府；深汕1路（深汕合作区管委会鲘门火车站）线路延伸，起讫站调整为深汕合作区管委会民安村；深汕2路、深汕3路停止运营。

2020年05月21日，配合新车投产，深汕巴士重组深汕特别合作区公交线网：新辟深汕6路，起讫站为深汕巴士场站天麒工业园（实际未开行）；深汕2路恢复运营，起讫站调整为赤石镇政府上北村；深汕3路恢复运营，起讫站调整为鲘门火车站华润电力；深汕1路（深汕合作区管委会民安村）线路延伸，起讫站调整为上北村民安村；深汕高峰专线5号（深汕合作区管委会赤石镇政府）线路延伸并更名为深汕5路，起讫站调整为深汕巴士场站赤石镇政府；深汕高峰专线2号（深汕合作区管委会新杏村）缩线行驶并更名为深汕4路，起讫站调整为赤石镇政府新杏村；深汕高峰专线3号（小漠镇百安村）缩线行驶并更名为深汕1路区间，起讫站调整为民安村百安村；深汕高峰专线4号更名为深汕5路区间。

2025年05月01日，深汕巴士深汕3路（鲘门火车站华润电力）线路延伸，起讫站调整为深汕湾科技城华润电力。