2006年08月01日，公交总公司9路、45路、47路、127路，雅高巴士20路，中北巴士65路、75路起讫站“宝船公园”更名为宁工新寓。

2014年01月28日，为优化人力资源和场站资源，江南公交第一巴士、第三巴士互换经营权，第一巴士78路划归第三巴士运营管理，因白鹭花园公交场站已复建完成，具备使用条件，起讫站由“湖西街”延伸至白鹭花园；第三巴士45路划归第一巴士运营管理。

2015年09月12日，因地铁四号线龙江站工程施工需要，根据市公安局交通管理局交通组织通告，江南公交9路（钟灵街宁工新寓）缩线行驶，起讫站调整为钟灵街中保村南；45路（长途东站宁工新寓）调整走向，起讫站调整为长途东站中保村南（至2017年1月14日恢复）；47路（双桥门北宁工新寓）缩线行驶，起讫站调整为双桥门北古平岗（至2017年3月18日恢复）；170路（双和园宁工新寓）缩线行驶，起讫站调整为双和园中保村南；D1路（元化路宁工新寓）调整走向，起讫站调整为元化路中保村；Y11路（宁工新寓南京站·南广场东）调整走向，起讫站调整为中保村南京站·南广场东（至2017年1月14日恢复）。

2016年07月01日，南京公交集团结束对中北巴士的托管管理，江南公交第一巴士公司旗下线路1路、3路、8路、11路、25路、28路、32路、40路、42路、45路、63路、64路、65路、66路、67路、68路、69路、71路、72路、73路、74路、76路、77路、79路、114路、122路、125路、130路、140路、143路、145路、146路、159路、176路、178路、184路、194路、195路、196路、197路、198路、199路、200路、201路、203路、206路、207路、208路、303路、308路、311路、315路、318路、319路、327路、328路、331路、332路、333路、334路、335路、336路、玉葛线、D5路、Y1路、Y19路、Y23路、B1路接驳线全面以公交集团标准运营管理，继续沿用第一巴士公司名称。

2018年10月27日，江南公交45路（宁工新寓长途东站）缩线行驶，起讫站调整为宁工新寓南京站·南广场西。

2019年11月01日，南京公交集团第一客运公司9路、11路、32路、42路、45路、65路、66路、105路划归第三客运公司运营管理。

2021年05月01日，南京公交集团第三客运公司9路、11路、32路、42路、45路、65路、66路、313路、Y11路划归第四客运公司运营管理。

2024年12月22日，为优化公交线网资源配置，降低线网重复系数，提升线路运行效率，南京公交45路（宁工新寓南京站·南广场西）线路延伸，起讫站调整为宁工新寓月苑南路；66路（龙江新城市广场南京站·南广场西【上行】/龙蟠路·南京站西龙江新城市广场【下行】）线路延伸，起讫站调整为龙江新城市广场万寿停车场，【因道路施工，起讫站临时调整为龙江新城市广场万寿南【上行】/万寿停车场龙江新城市广场【下行】】；73路（兴卫村古平岗【上行】/水佐岗兴卫村【下行】）调整走向，起讫站调整为兴卫村随家仓。同时22路、318路停止运营。