1994年，烟台市公共交通公司先后开通多条中巴线路：16路中巴（地方港客运站北上坊）、41路中巴（新石路西炮台南路）、42路中巴（幸福小区塔山游乐城）、43路中巴（新石路烟台山）、45路中巴（虹口路南塂）、46路中巴（师范学院宿舍区烟台山）、48路中巴（市公交修理厂虹口路）、49路中巴（新桥小区市建行）；1995年，新辟47路中巴（珠玑小区幸福八村）、52路中巴（青年南路林家疃）、53路中巴（解村莱山区政府）；1996年，新辟12路中巴（火车站奇山小区）、15路中巴（惠安小区长城宾馆）、44路中巴（福斯达纸业名人俱乐部）。

2002年12月18日，烟台市公共交通公司实行46路中巴退市项目，新辟46路大巴，线路实行无人售票，全程1元，起讫站为烟台山鲁东大学。

2008年01月27日，烟台城市公交总公司46路（鲁东大学南门烟台山）线路延伸，起讫站调整为锦绣新城烟台山。

2012年10月26日，烟台公交新购置的18辆SWB6107Q6型CNG公交车辆，正式在46路上线运营。

2017年05月20日，烟台公交西南河站点撤销，涉及21路、22路、42路、43路、44路、46路、80路、80路拥军专线、86路、86路拥军专线。

2018年12月12日，烟台公交46路（锦绣新城烟台山）线路延伸，起讫站调整为康和新城公交场站烟台山。

2022年05月31日，烟台公交新购置的12辆银隆GTQ6126BEVBT20型空调纯电动公交车辆，正式在46路上线运营。

2022年07月05日，烟台公交新购置的2辆中车TEG6105BEV21型空调纯电动公交车辆，正式在46路上线运营。