2005年09月，昆山公交新辟昆山124路，起讫站为汽车站木瓜小区·玉皇殿。

2006年12月27日，为配合昆山市汽车客运中心站正式启用，昆山公交新辟昆山88路，起讫站为老客站新客站，昆山3路、昆山103路、昆山117路起讫站由火车站调整为新客站，昆山6路起讫站由中华园调整为新客站，昆山16路起讫站由中大柏庐天下调整为新客站，昆山18路起讫站由百润发调整为新客站，昆山122路、昆山124路、昆山126路起讫站由汽车站调整为新客站。原汽车站更名为老客站。

2011年07月11日，结合服务外包基地公交首末站启用，昆山公交昆山124路（昆山南站木瓜小区）线路延伸，起讫站调整为昆山南站服务外包基地。

2022年03月15日，受疫情影响，昆山公交昆山124路终点由服务外包基地临时调整为木瓜小区。

2022年08月22日，昆山公交昆山124路（昆山南站服务外包基地）线路延伸，起讫站调整为昆山南站石浦客运站。昆山352路（盛家埭秦峰路首末站）调整走向，起讫站调整为秦峰路首末站秦峰路首末站顺时针单环。