1995年02月28日，公交总公司9路实施无人售票，单一票价1元（普通车）。

2005年10月18日，公交总公司9路（莫愁新寓中山陵）调整走向，起讫站调整为宝船公园中山陵。

2006年08月01日，公交总公司9路、45路、47路、127路，雅高巴士20路，中北巴士65路、75路起讫站“宝船公园”更名为宁工新寓。

2008年04月29日，公交总公司9路被授予全国“工人先锋号”。

2013年03月30日，江南公交5路（柳营莫愁新寓）调整走向，起讫站调整为南湾营长江路·估衣廊；9路（宁工新寓中山陵停车场）调整走向，起讫站调整为钟灵街宁工新寓；29路（杨庄五洲装饰城）调整走向，起讫站调整为杨庄莫愁新寓；34路（中山码头石门坎（五洲家居装饰广场））调整走向，起讫站调整为中山码头中山陵停车场并命名为“博爱线”；141路（南湾营南京车站）调整走向，起讫站调整为西花岗南京车站；163路（南湾营长江路）调整走向，起讫站调整为西花岗钟山学院；新辟D9路，起讫站为板桥新城（莲花湖公园）莫愁新寓。

2015年09月12日，因地铁四号线龙江站工程施工需要，根据市公安局交通管理局交通组织通告，江南公交9路（钟灵街宁工新寓）缩线行驶，起讫站调整为钟灵街中保村南；45路（长途东站宁工新寓）调整走向，起讫站调整为长途东站中保村南（至2017年1月14日恢复）；47路（双桥门北宁工新寓）缩线行驶，起讫站调整为双桥门北古平岗（至2017年3月18日恢复）；170路（双和园宁工新寓）缩线行驶，起讫站调整为双和园中保村南；D1路（元化路宁工新寓）调整走向，起讫站调整为元化路中保村；Y11路（宁工新寓南京站·南广场东）调整走向，起讫站调整为中保村南京站·南广场东（至2017年1月14日恢复）。

2018年01月20日，江南公交9路（钟灵街中保村南）缩线行驶，起讫站调整为宁工新寓总统府，同时由江南公交第二巴士公司划归江南公交第一巴士公司运营管理。

2019年11月01日，南京公交集团第一客运公司9路、11路、32路、42路、45路、65路、66路、105路划归第三客运公司运营管理。

2021年05月01日，南京公交集团第三客运公司9路、11路、32路、42路、45路、65路、66路、313路、Y11路划归第四客运公司运营管理。