2014年08月20日，江南公交802路更名为Y2路；803路更名为Y3路；804路更名为Y4路；805路更名为Y5路；806路更名为Y6路；807路更名为Y7路；810路更名为Y10路；812路更名为Y12路；814路更名为Y14路；Y15路更名为Y15路；818路更名为Y18路；819路更名为Y19路；820路更名为Y20路；822路更名为Y22路；824路更名为Y24路。

2019年11月01日，因南京公交集团整体改制，原江南公交第五巴士公司负责运营的6路、10路、12路、18路、22路、24路、30路、31路、34路、53路、54路、78路、95路、117路、118路、134路、162路、302路、307路、337路、Y2路、Y9路、Y10路、Y15路整建制并入改制后的第一客运公司（原第一巴士公司）运营管理，第五巴士公司不再保留。

2021年12月08日，因郑和中路与中山北路交叉口处污水管线施工，南京公交31路、34路、Y9路、Y10路、Y15路原“中山码头”下客站临时调整至中山码头北。【至2022年3月13日恢复】

2022年10月27日，晚10时起，根据南京市疫情防控工作的相关要求，南京公交24路、64路、71路、76路、79路、101路、105路、125路、131路、140路、145路、175路、176路、177路、300路、308路、311路、331路、332路、333路、334路、336路、341路、K1路、K2路、Y2路、Y9路、Y15路、Y23路暂停服务。【至2022年11月6日恢复】

2024年10月13日，因铁北污水第三批系统管网专项整治工程施工需要，根据公安交管部门交通组织方案，迈化路（万兴路—栖霞大道段）禁止车辆西向东通行。道路封闭期间，南京公交6路、22路、124路、162路、336路、337路、Y15路原“万寿停车场”下客站调整至万寿南；568路起讫站由“万寿停车场”调整至万寿。

2025年01月11日，为优化夜间公交线网布局，提升线路运行效率，南京公交Y3路（公交车辆厂江边路总站）调整走向，起讫站调整为公交车辆厂南京站·南广场西，同时Y15路停止运营；Y4路（银城东苑新街口西）调整走向，起讫站调整为银城东苑大桥南路总站【上行】/大桥南路总站紫金南苑【下行】。Y7路（瑞金路宜悦街）调整走向，起讫站调整为银城东苑宜悦街，同时Y18路停止运营；Y11路（宁工新寓南京站·南广场东）调整走向，起讫站调整为宁工新寓燕江新城总站；Y23路（尧化门总站南京站·南广场西）缩线行驶，起讫站调整为尧化门总站南京站·南广场东。