2005年02月06日，为试行大众公交区域化经营理念，深化公交改革，大众巴士与大众三汽真南分公司整合挂牌，大众三汽真南分公司全部线路划归大众巴士运营管理。整合后，大众巴士共运营管理线路32条：（原大众公交真南分公司）62路、106路、112路（含区间）、117路、129路、213路、216路、323路、516路、517路、708路、724路、750路、766路、虎南线；（原大众巴士公司）737路、738路、810路、811路、822路、841路、842路、844路、846路、861路、862路、923路、943路、机场三线、机场六线、旅游5号线、旅游8号线。

2014年04月10日，巴士三汽62路暂停运营，562路同步更名为62路，并由七分公司划归四分公司运营管理。

2018年06月26日，巴士三公司62路终点站美丽园更名为华东医院。

2022年04月01日，根据疫情防控要求，久事公交（巴士一公司、巴士二公司、巴士三公司、巴士四公司、巴士五公司）所有线路暂停运营。

2022年05月22日，巴士三公司01线、48路、54路、57路、62路、63路、71路及区间、72路、76路、93路、112路及区间、113路、117路、141路、224路、252路、548路、721路、807路、809路、838路、909路恢复运营。

2024年03月01日，巴士三公司六车队62路划入七车队运营管理，七车队815路划入六车队运营管理。