1995年10月，公交总公司新辟39路，起讫站为所街农贸中心。

1998年07月24日，公交总公司39路（所街农贸中心）线路延伸，起讫站调整为南京西站所街。

2000年，公交总公司39路（南京西站所街）线路延伸，起讫站调整为南京西站应天水产中心。

2003年11月，公交总公司39路（南京西站应天水产中心）线路延伸，起讫站调整为南京西站润泰市场。

2010年08月18日，公交总公司16路、49路、111路起讫站由“润泰市场”延伸至新和源装饰城，39路起讫站延伸至雨花台。

2021年02月14日，因建宁西路、热河路道路施工需要，南京西站场站实施临时搬迁，南京公交16路、39路、539路原“南京西站”下客站临时调整至惠民桥。

2022年07月11日，因惠民大道改造工程需要，“南京西站”公交场站临时占用，南京公交10路、39路、Y3路、Y16路、Y18路起讫站调整至江边路总站；16路、21路起讫站调整至中山码头北；539路（泰冯路地铁站惠民桥【上行】/南京西站泰冯路地铁站【下行】）调整走向，起讫站调整为泰冯路地铁站挹江门。