2020年02月22日，配合上海市疫情防控措施，崇明巴士堡七线临时缩线至北七滧。至2020年03月26日恢复原线。

2022年03月20日，根据疫情防控要求，崇明巴士堡红线、堡七线堡镇汽车站终点站临时调整至向化镇。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，崇明巴士所有公交线路暂停运营。

2022年05月20日，崇明巴士城桥4路、南牛线、南跃线、南海线、南堡支线、南建专线、1712路、1713路、堡红线、堡四线、堡七线、堡陈专线、长兴1路、长兴3路、横沙3路、崇明东滩1路、崇明东滩3路恢复运营。