2012年03月23日，公交总公司811路（金盛百货大市场南京车站）线路延伸，因金盛百货大市场公交场站调整，不具备驾驶员停车休息条件，起讫站调整为宁工新寓南京车站。

2014年08月14日，江南公交808路更名为Y8路，809路更名为Y9路，811路更名为Y11路，813路更名为Y13路，823路更名为Y23路，游5路更名为205路。

2015年09月12日，因地铁四号线龙江站工程施工需要，根据市公安局交通管理局交通组织通告，江南公交9路（钟灵街宁工新寓）缩线行驶，起讫站调整为钟灵街中保村南；45路（长途东站宁工新寓）调整走向，起讫站调整为长途东站中保村南（至2017年1月14日恢复）；47路（双桥门北宁工新寓）缩线行驶，起讫站调整为双桥门北古平岗（至2017年3月18日恢复）；170路（双和园宁工新寓）缩线行驶，起讫站调整为双和园中保村南；D1路（元化路宁工新寓）调整走向，起讫站调整为元化路中保村；Y11路（宁工新寓南京站·南广场东）调整走向，起讫站调整为中保村南京站·南广场东（至2017年1月14日恢复）。

2021年05月01日，南京公交集团第三客运公司9路、11路、32路、42路、45路、65路、66路、313路、Y11路划归第四客运公司运营管理。

2025年01月11日，为优化夜间公交线网布局，提升线路运行效率，南京公交Y3路（公交车辆厂江边路总站）调整走向，起讫站调整为公交车辆厂南京站·南广场西，同时Y15路停止运营；Y4路（银城东苑新街口西）调整走向，起讫站调整为银城东苑大桥南路总站【上行】/大桥南路总站紫金南苑【下行】。Y7路（瑞金路宜悦街）调整走向，起讫站调整为银城东苑宜悦街，同时Y18路停止运营；Y11路（宁工新寓南京站·南广场东）调整走向，起讫站调整为宁工新寓燕江新城总站；Y23路（尧化门总站南京站·南广场西）缩线行驶，起讫站调整为尧化门总站南京站·南广场东。