2007年09月16日，北京公交集团实施第六批优化公交线网方案，调整一批穿城长途线路，削减中途站位改为大站快车，同时变更路号。735路（郁金香花园南门海淀桥东）调整并更名为641路；710路（善各庄新纪元石材市场）调整并更名为677路；801路快车（四方桥西颐和园北宫门）调整并更名为683路；705路（朝新嘉园建欣苑）调整并更名为686路；822路（北京华侨城南站宝隆公寓小区）调整并更名为687路，同时调整为北京华侨城宝隆公寓小区；804路（姜庄湖花乡驾校）调整并更名为689路，同时缩短为花乡驾校惠新东桥西；726路（前门颐和园）调整并更名为690路；719路（韩庄子北北京轮胎厂）调整并更名为691路；744路（北京站东世界公园公交总站）调整并更名为692路；748路（育新小区晓月苑小区）调整并更名为693路；702路（嘉铭园宝隆公寓小区）调整并更名为694路；727路（北京西站清河营村）调整并更名为695路；737路（香山孙河乡政府）调整并更名为696路；716路（菜户营桥东颐和山庄）调整并更名为697路；733路（香山城南嘉园北）调整并更名为698路；811路（富丰桥西回龙观小区）调整并更名为699路；840路内环（黄土岗村黄土岗村）调整并更名为特9路内环；840路外环（十八里店村十八里店村）调整并更名为特9路外环，同时调整为黄土岗村黄土岗村。

2010年01月26日，第一客运分公司24路、201路、379路、614路划转至第七客运分公司；8路、42路、60路划转至电车客运分公司；305路划转至新奥客运分公司。第二客运分公司20路、203路划转至第六客运分公司；300路内环划转至新奥客运分公司。第四客运分公司7路划转至第二客运分公司；10路、204路内环、204路外环、334路划转至第六客运分公司。第五客运分公司352路划转至第二客运分公司；359路划转至第七客运分公司；300路外环、378路、439路划转至新奥客运分公司。第六客运分公司631路、631路快车划转至第二客运分公司；356路、480路划转至第三客运分公司；58路、212路、311路、318路、327路、385路、396路、663路划转至双层客运分公司。第七客运分公司119路、125路、407路、426路划转至第一客运分公司；104路快车、110路、116路、515路、823路划转至电车客运分公司。电车客运分公司653路划转至第一客运分公司；410路、456路划转至第二客运分公司；411路划转至第五客运分公司。新奥客运分公司681路、699路、839路划转至第一客运分公司，477路、658路、694路、697路、717路划转至第三客运分公司；509路、518路划转至第四客运分公司；75路、635路、718路划转至第五客运分公司；64路、611路、612路划转至第六客运分公司；605路、682路、701路划转至第七客运分公司。专线客运分公司482路、498路、562路划转至第四客运分公司；457路、561路划转至第五客运分公司；802路划转至第六客运分公司；467路、660路、677路划转至第七客运分公司。双层客运分公司504路、679路划转至第二客运分公司；678路、692路划转至第三客运分公司；489路、746路划转至第四客运分公司；527路、728路划转至第六客运分公司；707路划转至第七客运分公司。

2010年10月26日，北京公交集团撤销原第三客运分公司、第七客运分公司，两分公司线路划转至其他分公司运营。第一客运分公司接收第三客运分公司658路、694路；第七客运分公司24路、120路、131路、201路、208路、379路、536路、659路。第二客运分公司接收第三客运分公司5路、49路、67路、340路、349路、390路、497路、603路、678路、三环临线。第四客运分公司接收第三客运分公司40路、45路、46路、47路、332路、507路、613路、697路、717路。第五客运分公司接收第七客运分公司122路、126路、211路、412路、419路、420路、421路、494路、503路、605路、628路、639路、640路、682路。第六客运分公司接收第三客运分公司63路、72路、205路、309路、321路、321路区间、323路、323路快车、477路、480路、604路、661路、692路。电车客运分公司接收第三客运分公司6路、22路、38路、82路、394路；第七客运分公司55路、113路、132路、210路、359路、401路、418路。双层客运分公司接收第三客运分公司77路、339路、339路区间、356路、391路、452路、458路、459路、550路、616路、646路、662路，同时更名为第三客运分公司。专线客运分公司接收第七客运分公司402路、403路、405路、413路、424路、431路、445路、446路、467路、516路、538路、595路、629路、656路、660路、677路，同时更名为第七客运分公司。新奥客运分公司接收第三客运分公司44路外环、44路内环；第七客运分公司130路、404路、406路、408路、409路、415路、416路、417路、422路、470路、471路、547路、630路、657路、701路、707路，同时更名为第八客运分公司。

2014年08月26日，第四客运分公司697路（菜户营桥东颐和山庄）缩短为菜户营桥东西苑；633路（五彩城公交场站杨坨）缩短为杨坨颐和山庄。

2016年12月26日，第四客运分公司697路（菜户营桥东西苑）撤销。