2007年12月26日，公交总公司新辟165路（九乡河西路长途东站）、166路（亚东新城区亚东新城区）。

2021年03月10日，因地铁6号线施工需要，长途东站公交场站临时搬迁，南京公交2路、10路、28路、131路、165路、311路、Y10路起讫站临时由“长途东站”调整至墨香路总站。

2021年05月01日，南京公交集团第二客运公司106路、107路、159路、165路、178路、184路、191路、191路区间、197路、198路、199路、200路、321路、322路、326路、327路、328路、329路、335路、344路、B3路、B4路、D1路、D5路、Y34路划归第一客运公司运营管理。