2006年05月27日，公交总公司317路（集庆门集庆门）调整走向，起讫站调整为集庆门龙江小区。同时新辟313路，起讫站为集庆门经五立交。

2013年01月24日，江南公交313路（集庆门经五立交）调整走向，起讫站调整为集庆门抗日航空纪念馆。

2014年01月26日，江南公交第三巴士、雅高巴士互换经营权，第三巴士313路划归雅高巴士运营管理，雅高巴士41路划归第三巴士运营管理。

2014年04月19日，南京公共交通（集团）有限公司完成对南京公交雅高巴士有限公司的收购，由旗下江南公交负责雅高巴士线路的运营管理。雅高巴士一车队（2路、125路、315路、游5路）划入第一巴士管理运营，二车队（17路、23路、58路、93路、115路）划入第二巴士管理运营，三车队（6路、20路、91路、133路）划入第三巴士管理运营，四车队（173路、游1路、游2路、游3路、游4路）划入第四巴士管理运营。

2017年11月04日，江南公交313路因蒋王庙街道路施工，起讫站临时由“抗日航空纪念馆”调整至经五立交站。【至2017年12月19日恢复】

2021年05月01日，南京公交集团第三客运公司9路、11路、32路、42路、45路、65路、66路、313路、Y11路划归第四客运公司运营管理。

2024年05月29日，南京公交313路起讫站“抗日航空纪念馆”更名为抗日航空烈士纪念馆。