2006年07月28日，浦东巴士乳合专线更名为989路。

2009年07月15日，为配合远东大道建设，奚阳公路中断，浦东巴士（由浦东公交托管）989路临时拆分为989路（其昌栈渡口环庆中路环庆东路）、989路短驳车（环庆中路环庆东路奚阳公路万国培训中心(爱心养老公寓)）。2009年10月18日两线合并，989路恢复原走向。

2010年03月01日，配合朝阳村公交停车场投入使用，浦东杨高989路奚阳公路万国培训中心(爱心养老公寓)终点站调整至奚阳公路朝阳村。

2018年12月23日，浦东杨高989路（其昌栈渡口奚阳公路朝阳村）缩线行驶，起讫站调整为其昌栈渡口庆利路环庆南路(合庆枢纽站)，实施无人售票，单一票价2元。同步新辟1136路，起讫站为庆利路环庆南路(合庆枢纽站)奚阳公路朝阳村。

2021年08月07日，浦东杨高989路（其昌栈渡口庆利路环庆南路）缩线行驶，起讫站调整为东方路蓝村路庆利路环庆南路。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，浦东公交（浦东杨高、浦东上南、浦东金高、浦东南汇）除机场七线外所有线路暂停运营。

2022年05月27日，浦东杨高85路、573路、614路、636路、774路、779路、792路、799路、971路、989路、990路、992路、1002路、1023路、1024路、1054路、1080路、1091路、1110路、1136路、浦东16路、浦东28路、浦东68路、浦东89路、张江1路、周康9路、周康10路恢复运营。

2022年09月18日，浦东杨高川沙分公司所有线路划入浦东金高，由一分公司运营管理。