2002年，南宁公交总公司新辟39路，起讫站为长湖路东淡村路尾。

2005年10月10日，39路延长至竹溪立交始发。

2006年12月15日，39路撤销金洲民族路口（东）站点。

2007年03月25日，39路调整为五一站埌东站，截弯取直行驶民族大道，取消行驶新竹路、鲤湾路、碧湖路、茶花园路、淡村路等路段，末班车由21:30延长至23:00。

2010年10月01日，39路升级为空调车，执行一票制1.5元的优惠票价。

2011年05月28日，39路实行一票制2元。