2003年04月01日，由于长期缺乏专业管理，大部分车辆常年不按核定线路运营且无固定的发车时刻表，亚通客运牛堡线、南牛专线交由崇明大众统一承包管理。后两线均归并入复线的常规线路。亚通客运共计八台营运车辆分配至崇明大众其他线路继续运营，由崇明大众统筹调动。

2010年09月25日，为配合道路施工，崇明巴士南堡二支线、新桥线临时停运。（至2011年01月01日恢复）

2011年07月26日，崇明巴士南堡二线更名为崇明乡村2路。

2014年10月01日，崇明巴士崇明乡村2路更名为南堡二线。

2018年06月01日，崇明巴士南堡二线临时停运。（至2018年09月30日恢复）

2022年03月20日，根据疫情防控要求，崇明巴士南堡专线（南门汽车站堡镇汽车站）临时缩线行驶，起讫站调整为南门汽车站竖新影剧院。南堡二线起讫站同步调整为南门汽车站竖新影剧院。南堡支线起讫站临时调整为南门汽车站牌楼头。

2022年03月28日，根据疫情防控要求，崇明巴士所有公交线路暂停运营。

2022年06月01日，崇明巴士所有线路恢复运营。