2003年04月21日,福山福海公交公司11路(福山)东线(大海阳站清洋汽车站)调整走向并更名为31路,起讫站调整为青年路汽车站清洋汽车站。
2010年07月28日,福山福海公交公司31路(清洋汽车站烟台港物流园装饰城)调整走向,起讫站调整为福山一中公交场站烟台港物流园装饰城;32路线路延伸,起讫站调整为福山一中公交场站烟台港物流园装饰城。
2011年07月16日,福山福海公交公司31路、32路划归烟台公交集团运营管理。
2012年10月18日,烟台公交集团31路(福山一中公交场站(青年路)烟台港物流园装饰城)调整走向,起讫站调整为福山一中公交场站(海港路)火车站北广场。
2015年07月15日,烟台公交新购置的20辆金龙XMQ6106AGHEV9型油电混合动力公交车辆,正式在31路上线运营。
2015年12月28日,烟台公交31路(福山一中公交场站火车站北广场)线路延伸,起讫站调整为福山区奇泉路场站火车站北广场。
2017年11月07日,烟台公交新购置的18辆亚星JS6108GHBEV11型纯电动公交车辆,正式在31路上线运营。
2018年08月30日,烟台公交31路(福山区奇泉路场站(港城西大街)火车站北广场)调整走向,起讫站调整为福山区奇泉路场站(王懿荣大街、西山南路)火车站北广场。
2020年08月23日,烟台公交新辟31路高疃区间,起讫站为高疃场站火车站北广场; 31路(奇泉路场站(王懿荣大街、河滨路、海港路)火车站北广场)调整走向,起讫站调整为奇泉路场站(港城西大街、福海路、青年路)火车站北广场; 32路(奇泉路场站(港城西大街、南苑街、沈海高速辅路)烟台山)调整走向,起讫站调整为奇泉路场站(王懿荣大街、福桃路、柳子河路)烟台山; 30路、303路停止运营。
2022年08月11日,烟台公交新购置的16辆中车TEG6125BEV09型空调纯电动公交车辆,正式在31路、39路上线运营。