2005年12月16日，南汇大众新辟洋山专线，起讫站为临港新城洋山深水港。

2007年03月26日，南汇大众洋山专线延伸至洋山客运码头以方便乘客出行，洋山深水港终点站由洋山分指挥中心调整至洋山公安分局。

2010年03月16日，配合共享区公交枢纽站投入使用，浦东南汇龙港快线(地面高速)、龙芦专线、龙临专线、三港专线、火车站定班车古棕路沪城环路终点站调整至沪城环路共享区，洋山专线、芦杜专线顺翔路同汇路终点站调整至沪城环路共享区。

2013年12月29日，浦东南汇洋山专线（同欣二路同欣一路(洋山公安分局)沪城环路共享区）调整走向，起讫站调整为同欣二路同欣一路(洋山公安分局)滴水湖地铁站。

2014年09月28日，配合滴水湖枢纽站投入使用，浦东南汇1009路、1043路、申港3路、洋山专线终点站滴水湖地铁站调整至枢纽站站内发车。

2014年09月28日，浦东南汇洋山专线（滴水湖地铁站同欣二路同欣一路(洋山公安分局)）调整走向，起讫站调整为滴水湖地铁站沈家湾客运码头。同步新辟洋山专线区间，起讫站为滴水湖地铁站洋山客运二号码头。

2020年03月05日，浦东南汇洋山专线、洋山专线区间两线合并，洋山专线区间停止运营，洋山专线调整走向。

2022年01月01日，浦东南汇三分公司所有线路划入临港公交运营管理。

2022年03月14日，根据疫情防控要求，临港公交洋山专线暂停运营。（至2022年12月19日恢复）

2023年11月06日，为配合滴水湖公交枢纽站施工，临港公交1043路、浦东33路、洋山专线、自贸试验区洋山1线、环湖一路观光线滴水湖地铁站终点站临时调整为云鹃路临港大道；1009路、1096路、申港1路、上海电机学院接驳线终点站滴水湖地铁站临时调整为山兰路临港大道。

2024年11月23日，配合滴水湖枢纽站竣工投用，临港公交1043路、浦东33路、洋山专线、临港定制11线、上中东校接驳线云鹃路临港大道首末站；1009路、1096路、申港1路山兰路临港大道首末站迁至滴水湖枢纽站。