1958年09月12日，公共汽车公司新辟55路（中关村清河）。

1972年11月，公共汽车公司在整理1972年客流调查资料后，提出开调线路的方案时，发现市区线路编号以30路为上限已不够使用，于是把由公共汽车所辖的郊区线路编号加上300。31路（平安里中关村）更名为331路；32路（动物园颐和园）更名为332路；33路（颐和园香山）更名为333路；34路（动物园永定路）更名为334路；35路（展览路丰台火车站）更名为335路；36路（展览路门头沟）更名为336路；37路（宣武门石景山）更名为337路；38路（宣武门永乐小区）更名为338路；39路（广安门云岗）更名为339路；40路（广安门丰台）更名为340路；41路（永定门万源路）更名为341路；42路（郎家园万寿宫/造纸厂）取消高峰时间联运，改为342路（郎家园通县）和317路（通县造纸厂）；43路（虎坊路三营门）更名为343路；44路（德胜门回龙观）更名为344路；45路（德胜门昌平）更名为345路；46路（颐和园温泉/西山农场）更名为346路；47路（动物园八大处）更名为347路；48路（方巾巷炼焦厂）更名为348路；49路（三营门南大红门）更名为349路；50路（朝阳门东坝）更名为350路；51路（右安门丰台）更名为351路；52路（光明楼小红门）更名为352路；53路（三营门丰台）更名为353路；54路（丰台火车站石景山）更名为354路；55路（中关村清河）更名为355路；56路（云岗大灰厂）更名为356路；57路（昌平高崖口）更名为357路；58路（安定门立水桥）缩短为地坛立水桥，同时更名为358路；59路（东直门首都机场）更名为359路；60路（动物园香山）更名为360路；61路（三营门旧宫）更名为361路；62路（颐和园东北旺公社）更名为362路；63路（八王坟红庄）更名为363路；64路（八王坟金盏路）更名为364路；65路（中关村体育学院）更名为365路；66路（永定门黄村）更名为366路。

1986年04月01日，公交总公司355路（中关村清河）延长为保福寺清河，365路（中关村体育学院）延长为保福寺体育学院。

1986年12月，公交总公司355路（保福寺清河）缩短为保福寺清河南镇。

1990年07月28日，公交总公司355路（保福寺清河南镇）延长为保福寺毛纺厂。

1996年09月10日，公交总公司355路（保福寺毛纺厂）调整为保福寺育新小区。

2000年05月30日，第四客运分公司355路（保福寺育新小区）调整为三义庙育新小区，355路支线（保福寺毛纺厂）延长为毛纺厂马连洼，365路（保福寺航天城）延长为三义庙航天城，365路支线（保福寺西二旗）缩短为西二旗圆明园。

2003年08月30日，因三义庙场站拆除，第四客运分公司355路（三义庙育新小区）延长为育新小区廖公庄。

2017年07月31日，第四客运分公司355路（育新小区廖公庄公交场站）缩短为育新小区三义庙；弥补355路西段走向，79路（鲁谷公交场站知春路）调整为廖公庄公交场站知春路。

2022年05月23日，按照海淀区、昌平区疫情防控工作要求，途经海淀区、昌平区的第一客运分公司307路、315路、371路、520路、606路、614路、618路、681路、专89路、夜38路；第四客运分公司355路、393路、398路、495路、521路、543路、608路、642路、专29路、专139路采取暂停运营措施；第一客运分公司319路、367路、379路、432路、462路、478路、620路、636路；第八客运分公司932路、963路采取区间运营措施。

2022年06月07日，按照疫情防控工作要求，前期受海淀区、昌平区疫情封控影响的第一客运分公司315路、319路、367路、379路、432路、462路、478路、606路、614路、618路、620路、636路、681路、夜38路；第四客运分公司355路、393路、398路、495路、521路、543路、608路、609路、专29路、专139路；第八客运分公司932路、963路恢复全线运营。

2022年06月08日，按照疫情防控工作要求，前期受海淀区疫情封控影响的第一客运分公司307路、520路、专89路；第四客运分公司333路、355路、374路、375路、392路、393路、398路、446路、570路、575路、632路、688路、693路、专60路、专85路恢复全线运营；第一客运分公司371路恢复区间运营。