1991年09月25日，公交总公司新辟406路（大屯西站大屯西站）。

2002年09月28日，第七客运分公司406路（大屯西站大屯西站）调整为大屯西站单店，撤销412路（单店中街）；原412路支线（甘露园单店）更名为412路。

2007年02月10日，配合场站因奥运场馆建设搬迁，第一客运分公司207路（大屯西站四惠站）、380路（德胜门大屯西站）、第七客运分公司406路（大屯西站单店）、408路（大屯西站南十里居）、415路（大屯西站孙河东站）、417路（燕丹大屯西站）的首（末）站由大屯西站调整为慧忠里。

2010年10月26日，北京公交集团撤销原第三客运分公司、第七客运分公司，两分公司线路划转至其他分公司运营。第一客运分公司接收第三客运分公司658路、694路；第七客运分公司24路、120路、131路、201路、208路、379路、536路、659路。第二客运分公司接收第三客运分公司5路、49路、67路、340路、349路、390路、497路、603路、678路、三环临线。第四客运分公司接收第三客运分公司40路、45路、46路、47路、332路、507路、613路、697路、717路。第五客运分公司接收第七客运分公司122路、126路、211路、412路、419路、420路、421路、494路、503路、605路、628路、639路、640路、682路。第六客运分公司接收第三客运分公司63路、72路、205路、309路、321路、321路区间、323路、323路快车、477路、480路、604路、661路、692路。电车客运分公司接收第三客运分公司6路、22路、38路、82路、394路；第七客运分公司55路、113路、132路、210路、359路、401路、418路。双层客运分公司接收第三客运分公司77路、339路、339路区间、356路、391路、452路、458路、459路、550路、616路、646路、662路，同时更名为第三客运分公司。专线客运分公司接收第七客运分公司402路、403路、405路、413路、424路、431路、445路、446路、467路、516路、538路、595路、629路、656路、660路、677路，同时更名为第七客运分公司。新奥客运分公司接收第三客运分公司44路外环、44路内环；第七客运分公司130路、404路、406路、408路、409路、415路、416路、417路、422路、470路、471路、547路、630路、657路、701路、707路，同时更名为第八客运分公司。

2014年05月10日，为整合线路路号资源，规范线路路号的使用，北京公交集团623路（东直门枢纽站北京西站）路号变更为3路；83路（国家体育馆公交场站北京西站）路号变更为特13路；54路（岳家楼桥城南嘉园北）路号变更为特14路；85路（国家体育馆公交场站西直门）路号变更为特15路；406路（慧忠里单店）路号变更为特16路；72路（北京南站南广场北京西站南广场）路号变更为特17路；320路（北京西站西苑枢纽站）路号变更为特18路；319路（北京西站西苑枢纽站）路号变更为特19路。

2021年02月08日，配合站名规范实施工作，自首车起，第二客运分公司原674路（北京华侨城惠新东桥西、惠新东桥南北京华侨城）更名为63路；特16路（单店慧忠里）更名为406路。