2003年04月01日，由于长期缺乏专业管理，大部分车辆常年不按核定线路运营且无固定的发车时刻表，亚通客运牛堡线、南牛专线交由崇明大众统一承包管理。后两线均归并入复线的常规线路。亚通客运共计八台营运车辆分配至崇明大众其他线路继续运营，由崇明大众统筹调动。

2010年04月10日，崇明巴士南新专线（南门汽车站跃进农场）调整运营模式，仅保留早晚单向五个全程班次，其余时段全部为南门汽车站新海农场区间。

2020年04月11日，崇明巴士南建专线临时改道，桥鼻港桥至三星镇各车站不再停靠，同步新辟南建专线短驳（新建水闸协进村）。南新专线临时拆分为南新专线区间（南门汽车站友爱商店（无为寺））、南新专线短驳（新海农场协进村）。另新辟崇明乡村11路区间（草棚镇安南村）以解决草棚镇居民出行问题。（至2020年09月01日恢复）

2022年03月28日，根据疫情防控要求，崇明巴士所有公交线路暂停运营。

2022年05月18日，崇明巴士1711路、1731路、横沙2路、南堡专线、南新专线、南红专线恢复运营。