2017年03月09日，昆山公交新辟昆山339路，起讫站为南港汽车站渡头。

2021年10月19日，受莲花路、望江路道路施工影响，集团吴中公司523路（车坊金山寺南港汽车站）临时缩线行驶，起讫站调整为车坊金山寺望江桥。昆山111路、昆山137路、昆山151路、昆山339路由南港汽车站临时调整为震阳路望江路，昆山238路、昆山334路、昆山335路由南港汽车站临时调整为震阳路临时站。（除523路外，其余线路于2022年9月20日恢复）

2022年06月02日，昆山公交昆山339路恢复运营，终点由渡头临时调整为唐村。

2022年12月25日，南港新建公交停车场建设完毕，昆山公交昆山111路、昆山137路、昆山151路、昆山238路、昆山334路、昆山335路、昆山339路终点由南港汽车站调整为南港望江路（原望江路望星路）。

2023年02月10日，昆山公交昆山339路（南港望江路渡头）线路延伸，起讫站调整为南港望江路鸟步厍。